| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 775,620 | C→G | 7.7% | L156L (CTC→CTG) | tolQ → | membrane spanning protein in TolA‑TolQ‑TolR complex |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 775,620 | 0 | C | G | 7.7% | 276.9 / 10.9 | 89 | L156L (CTC→CTG) | tolQ | membrane spanning protein in TolA‑TolQ‑TolR complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/42); new base G (2/5); total (42/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.53e-01 | |||||||||||
GGGGCGTCGCGTGCTATGCGTATCTCCATGAACCGTGAACTTGAAAATCTGGAAACGCACATTCCGTTCCTCGGTACGGTTGGCTCCATCAGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATT > NC_000913/775471‑775768 | ggggCGTCGCGTGCTATGCGTATCTCCATGAACCGTGAACTTGAAAATCTGGAAACGCACATTCCGTTCCTCGGTACGGTTGGCTCCATCAGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTc > 1:1019328/1‑150 (MQ=255) ggcggcGCGAGCGATGCGTATCGCCATGACCCGTGACCTAGAAAAGCTGGACACGCACATGCCGGTCCTCGGGACGGTTGGCTCCCTCAGCCCGTATATTGGTCTGTGTGGTACGGGCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCgg < 1:325634/150‑1 (MQ=255) gCGTCGCGTGCTATGCGTATCTCCATGAACCGTGAACTTGAAAATCTGGAAACGCACATTCCGTTCCTCGGTACGGTTGGCTCCATCAGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCggg > 2:1541890/1‑150 (MQ=255) 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cACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTaaac > 2:1093663/1‑150 (MQ=255) cACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTaaac > 1:191309/1‑150 (MQ=255) cttgttttACCGCCCCGAGGGCGATAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCACTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTaaaca > 1:89704/6‑150 (MQ=255) aCGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTaaaca < 1:1712039/150‑1 (MQ=255) tttACCGCCCCGAGGGCGATAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCACTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTg < 2:89704/150‑1 (MQ=255) ttATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTgg < 2:1266501/150‑1 (MQ=255) aTCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACACCCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGaa > 1:902123/1‑150 (MQ=255) cGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACt > 1:1395501/1‑150 (MQ=255) gCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACACCCGCCTCACCCAGCTCGTAAACAAACTGGAACtt > 2:1083523/1‑149 (MQ=255) ccTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACCCTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGaa < 1:73844/150‑1 (MQ=255) ccTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGaa > 1:1556398/1‑150 (MQ=255) tCGGGGCGGTAATACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCAGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAGCCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGACCTGAAtt > 2:120247/1‑150 (MQ=255) | GGGGCGTCGCGTGCTATGCGTATCTCCATGAACCGTGAACTTGAAAATCTGGAAACGCACATTCCGTTCCTCGGTACGGTTGGCTCCATCAGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATT > NC_000913/775471‑775768 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |