| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 775,621 | G→A | 8.3% | G157R (GGG→AGG) | tolQ → | membrane spanning protein in TolA‑TolQ‑TolR complex |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 775,621 | 0 | G | A | 8.3% | 251.8 / 8.3 | 86 | G157R (GGG→AGG) | tolQ | membrane spanning protein in TolA‑TolQ‑TolR complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/40); new base A (2/5); total (41/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.65e-01 | |||||||||||
GGCGTCGCGTGCTATGCGTATCTCCATGAACCGTGAACTTGAAAATCTGGAAACGCACATTCCGTTCCTCGGTACGGTTGGCTCCATCAGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATT > NC_000913/775473‑775768 | ggcggcGCGAGCGATGCGTATCGCCATGACCCGTGACCTAGAAAAGCTGGACACGCACATGCCGGTCCTCGGGACGGTTGGCTCCCTCAGCCCGTATATTGGTCTGTGTGGTACGGGCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCgg < 1:325634/150‑1 (MQ=255) gCGTCGCGTGCTATGCGTATCTCCATGAACCGTGAACTTGAAAATCTGGAAACGCACATTCCGTTCCTCGGTACGGTTGGCTCCATCAGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCggg > 2:1541890/1‑150 (MQ=255) gCGTCGCGTGCTATGCGTATCTCCATGAACCGTGAACTTGAAAATCTGGAAACGCACATTCCGTTCCTCGGTACGGTTGGCTCCATCAGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCCGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCggg < 2:1495839/150‑1 (MQ=255) tGCTATGCTTATCTCCATGAACCGTGAACTTGAAAATCTGCATACGCACATGCCGTTCCGCGGTACGGTTGGCTCCATCAGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTaaa < 1:1141877/150‑1 (MQ=255) cTATGCGTATCTCCATTAACCGTGAACTTGAAAATCTGGAAACGCACATTCCGTTCCTCGGTACGGTTGGCTCCATCAGCCCGTATATTTGTCTGTTTGGTACGGTGTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCCGAGGGCGATaaagg < 2:849339/150‑3 (MQ=255) cTATGCGTATCTCCATGAACCGTGAACTTGAAAATCTTGAAACGCACATTCCGTTCCTCGGTACGGTTGGCTCCATCAGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTACCGCCCCGAGGGCGATaaagg < 2:551308/150‑3 (MQ=255) cTATGCGTATCTCCATGAACCGTGAACTTGAAAATCTGGAAACGCACATTCCGTTCCTCGGTACGGTTGGCTCCATCAGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTACCGCCCCGAGGGCGATaaagg < 1:722800/150‑3 (MQ=255) tATGCGTATCTCCATGAACCGTGAACTTGAAAATCTGGAAACGCACATTCCGTTCCTCGGTACGGTTGGCTCCATCAGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACa > 1:1112033/1‑150 (MQ=255) aTGCGTATCTCCATGAACCGTGAACTTGAAAATCTGGAAACGCACATTCCGTTCCTCGGTACGGTTGGCTCCATCAGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACaa > 1:758139/1‑150 (MQ=255) cGTATCTCCATGAACCGTGAACTTGAAAATCTGGAAACGCACATTCCGTTCCTCGGTACGGTTGGCTCCATCAGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCa > 1:1419606/1‑150 (MQ=255) cGTATCTCCATGAACCGTGAACTTGAAAATCTGGAAACGCACATTCCGTTCCTCGGTACGGTTGGCTCCATCAGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCa > 2:1276454/1‑150 (MQ=255) cGTATCTCCATGAACCGTGAACTTGAAAATCTGGAAACGCACATTCCGTTCCTCGGTACGGTTGGCTCCATCAGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCa < 2:1347107/150‑1 (MQ=255) cGTATCTCCATGAACCGTGAACTTGAAAATCTGGAAACGCACATTCCGTTCCTCGGTACGGTTGGCTCCATCAGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTACCGCCCCGAGGGCGATaaagg > 2:617591/1‑143 (MQ=255) 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cACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTaaac > 1:191309/1‑150 (MQ=255) cttgttttACCGCCCCGAGGGCGATAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCACTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTaaaca > 1:89704/6‑150 (MQ=255) aCGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTaaaca < 1:1712039/150‑1 (MQ=255) tttACCGCCCCGAGGGCGATAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCACTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTg < 2:89704/150‑1 (MQ=255) ttATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTgg < 2:1266501/150‑1 (MQ=255) aTCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACACCCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGaa > 1:902123/1‑150 (MQ=255) cGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACt > 1:1395501/1‑150 (MQ=255) gCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACACCCGCCTCACCCAGCTCGTAAACAAACTGGAACtt > 2:1083523/1‑149 (MQ=255) ccTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACCCTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGaa < 1:73844/150‑1 (MQ=255) ccTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGaa > 1:1556398/1‑150 (MQ=255) tCGGGGCGGTAATACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCAGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAGCCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGACCTGAAtt > 2:120247/1‑150 (MQ=255) | GGCGTCGCGTGCTATGCGTATCTCCATGAACCGTGAACTTGAAAATCTGGAAACGCACATTCCGTTCCTCGGTACGGTTGGCTCCATCAGCCCGTATATTGGTCTGTTTGGTACGGTCTGGGGGATCATGCACGCCTTTATCGCCCTCGGGGCGGTAAAACAAGCAACACTGCAAATGGTTGCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCAGTTATGGCCTACAACCGCCTCAACCAGCGCGTAAACAAACTGGAACTGAATT > NC_000913/775473‑775768 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |