| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 854,790 | T→C | 9.0% | intergenic (+25/+34) | ybiR → / ← ldtB | putative transporter/L,D‑transpeptidase linking Lpp to murein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 854,790 | 0 | T | C | 9.0% | 297.7 / 17.4 | 112 | intergenic (+25/+34) | ybiR/ldtB | putative transporter/L,D‑transpeptidase linking Lpp to murein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (59/42); new base C (7/3); total (66/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
TGATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAGGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGAACAACCTGGTCAACATCTGGCTGACCGGTCACTGTCTGCACGCTCTTCGTCAGGGTAATTGG > NC_000913/854641‑854937 | tGATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCTATCTCTATTCTATACCGATGCTGATGTGGGCGGCGTTGGGTGGATATGTTTTGTTCGTTATACTCCCGGCCAACTAGTGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGAt < 1:261449/150‑1 (MQ=255)tGATTGCGCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAGGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGAt > 2:498993/1‑150 (MQ=255) gcTAAGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCGCTATTCAATACAGATGCTGTTGTGGGAGGCGTTGGTGGGATATTTTTTGTTAGTTATACTCCAGCCCAACTATTGTCTGTCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGt < 2:1671185/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |