| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 854,793 | T→A | 8.3% | intergenic (+28/+31) | ybiR → / ← ldtB | putative transporter/L,D‑transpeptidase linking Lpp to murein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 854,793 | 0 | T | A | 8.3% | 319.4 / 14.4 | 114 | intergenic (+28/+31) | ybiR/ldtB | putative transporter/L,D‑transpeptidase linking Lpp to murein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (60/44); new base A (7/2); total (67/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
GCTACGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAGGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGCCTTTTGCTTTAAGTTTTGAAGATTAATTCAGACGAACCGGCATCCCGGAGCGGTTTTTAATCGCTTCATCAAGAACAACCTGGTCAACATCTGGCTGACCGGTCACTGTCTGCACGCTCTTCGTCAGGGTAATTGGCAC > NC_000913/854648‑854940 | gcTAAGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCGCTATTCAATACAGATGCTGTTGTGGGAGGCGTTGGTGGGATATTTTTTGTTAGTTATACTCCAGCCCAACTATTGTCTGTCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGt < 2:1671185/150‑1 (MQ=255) aCGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAGGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCg > 1:1247407/1‑150 (MQ=255) cGTATGGCGAACGATCGCCGCATCTGGTGGCGTTTCCATCTCTATTCAATACCGATGCTGTTGTGGGCGGCGTTGGTGGGATATGTTTTGTTAGTTATACTCCCGGCCAACTAGGGTCTGGCAAATAAAAAAGGCGGATTATGAGTCCGc < 1:963649/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |