| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 900,710 | 0 | G | C | 5.2% | 447.5 / 9.5 | 130 | intergenic (‑135/+156) | artJ/artM | arginine ABC transporter periplasmic binding protein/arginine ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (68/55); new base C (5/2); total (73/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
ACTAACTTTTTCATGATGGAACTCCCGTCTGTCAATCTTATGATTTTTGGCCGTGTCTGCGGCATGGGATAACAATGCCATCAAGTGAATTTATATGCAATAAACATGATTAAATAATTTAAATGAAAT‑AAAAAAGACGGACAACTTAGTGGGTTGTCCGTCTTCATTATAAGAATTTATGCACTATGTAGGCCGGATAAGGCGTCCCCGCCGCATCCGGCACAGGCACCGTGCTGATGTCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGACCTACAAAACCCCCCGGCGAATGTACG > NC_000913/900562‑900857 | actaactTTTTCATGATGGAACTCCCGTCTGTCAATCTTATGATTTTTGGCCGTGTCTGCGGCATGGGATAACAATGCCATCAAGTGAATTTATATGCAATAAACATGATTAAATAATTTAAATGAAAT‑AAAAAAGACGGACAACTTAGt > 2:1108087/1‑150 (MQ=255) ctaactTTTTCATGATGGAACTCCCGTCTGTCAATCTTATGATTTTTGGCCGTGTCTGCGGCATGGGATAACAATGCCATCAAGTGAATTTATATGCAATAAACATGATTTAATAATTTAAATGAAAT‑AAAAAAGACGGACAACTTAGTg > 1:359136/1‑150 (MQ=255) taactTTTTCATGATGGAACTCCCGTCTGTCAATCTTATGATTTTTGGCCGTGTCTGCGGCATGGGATAACAATGCCATCAAGTGAATTTATATGCAATAAACATGATTAAATAATTTAAATGAAAT‑AAAAAAGACGGACAACTTAGTgg < 1:34351/150‑1 (MQ=255) 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tATGATTTTTGGCCGTGTCTGCGGCATGGGATAACAATGCCATCAAGTGAATTTATATGCAATAAACATGATTAAATAATTTAAATGAAAT‑AAAAAAGACGGACAACTTAGTGGGTTGTCCGTCTTCATTATAAGAATTTATGCACTATg > 1:1331346/1‑150 (MQ=255) tGATTTTTGGCCGTGTCTGCGGCATGGGATAACAATGCCATCAAGTGAATTTATATGCAATAAACATGATTAAATAATTTAAATGAAAT‑AAAAAAGACGGACAACTTAGTGGGTTGTCCGTCTTCATTATAAGAATTTATGCACTATGTa > 2:319577/1‑150 (MQ=255) gATTTTTGGCCGTGTCTGCGGCATGGGATAACAATGCCATCAAGTGAATTTATATGCAATAAACATGATTAAATAATTTAAATGAAAT‑AAAAAAGACGGACAACTTAGTGGGTTGTCCGTCTTCATTATAAGAATTTATGCACTATGTAg > 1:767835/1‑150 (MQ=255) aTTTTTGGCCGTGTCTGCGGCATGGGATAACAATGCCATCAAGTGAATTTATATGCAATAAACATGATTAAATAATTTAAATGAAAT‑AAAAAAGACGGACAACTTAGTGGGTTGTCCGTCTTCATTATAAGAATTTATGCACTATGTAgg < 1:478910/150‑1 (MQ=255) tttGGCCGTGTCTGCGGCATGGGATAACAATGCCATCAAGTGAATTTATATGCAATAAACATGATTAAATAATTTAAATGAAAT‑AAAAAAGACGGACAACTTAGTGGGTTGTCCGTCTTCATTATAAGAATTTATGCACTATGTAGGCCg < 1:1479922/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |