| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 925,574 | T→C | 10.3% | intergenic (+34/+310) | clpA → / ← serW | ATPase and specificity subunit of ClpA‑ClpP ATP‑dependent serine protease, chaperone activity/tRNA‑Ser |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 925,574 | 0 | T | C | 10.3% | 303.0 / 22.9 | 116 | intergenic (+34/+310) | clpA/serW | ATPase and specificity subunit of ClpA‑ClpP ATP‑dependent serine protease, chaperone activity/tRNA‑Ser |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/60); new base C (7/5); total (51/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.39e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
TGTTTGGTTCGCTGGTGGACGGCGGTCAGGTCACCGTCGCGCTGGATAAAGAGAAAAATGAGCTGACTTACGGATTCCAGAGTGCACAAAAGCACAAGGCGGAAGCAGCGCATTAATCTGATTGTTAGGTAGGTTGGTCAAGTCCGTAATCTCGAAAGAGGTTACGGACTTTTTGTTTATGGGGTGGAGGAGGTTCAGACCCTTTTTTTAATGATGATGGTAAGTTGTTGATAATTAGTGCTGCGGGAAGGTAAGGATAAAAAAGGGTGCTGCAGGAGAATGGGATGGTTTTG > NC_000913/925425‑925717 | tgTTTGGTTCGCTGGTGGACGGCGGTCAGGTCACCGTCGCGCTGGATAAAGAGAAAAATGAGCTGACTTACGGATTCCAGAGTGCACAAAAGCACAAGGCGGAAGCAGCGCATTAATCTGATTGTTAGGTAGGTTGGTCAAGTCCGTAAt > 2:1638528/1‑150 (MQ=255) gggTGCGCTGGTGGCCGGCGGTCAGGTCACCGTCGCGCGGGATAAAGAGAAAACTGAGCTGACTTACGGATTCCAGAGTGCACAAACGCACAAGGCGGAAGCAGCGCATTAATCTGAGTGTTAGGTAGGTTGGTCAAGTCCGTAATCTCg < 1:1072765/149‑1 (MQ=255) gTTCGCTGGTGGACGGCGGTCAGGTCACCGTCGCGCTGGATAAAGAGAAAAATGAGCTGACTTACGGATTCCAGAGTGCACAAAAGCACAAGGCGGAAGCAGCGCATTAATCTGATTGTTAGGTAGGTTGGTCAAGTCCGTAATCTCGaa > 2:432950/1‑150 (MQ=255) 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tggACGGCGGTCAGGTCACCGTCGCGCTGGATAAAGAGAAAAATGAGCTGACTTACGGATTCCAGAGTACACAAAAGCACAAGGCGGAAGCAGCGCATTAATCTGATTGTTAGGTAGGTTGGTCAAGTCCGTAATCTCGAAAGAGGTTAc < 1:332081/150‑1 (MQ=255) tggACGGCGGTCAGGTCACCGGCGCGCTGGATAAAGAGAAAAATGAGCTGACTTACGGATTCCAGAGTGCACAAAAGCACAAGGCGGAAGCAGCGCATTAATCTGATTGTTAGGTAGGTTGGTCAAGTCCGTAATCTCGAAAGAGGTTAc < 1:719517/150‑1 (MQ=255) gggACGGCGGTCAGGTCACCGTCGCGCTGGATAAAGAGAAAAATGAGCTGACTTACGGATTCCAGAGTGCACAAAAGCACAAGGCGGAAGCAGCGCATTAATCTGATTGTTAGGTAGGTTGGTCAAGTCCGTAATCTCGAAAGAGGTTAc < 2:1512778/149‑1 (MQ=255) gACGGCGGTCAGGTCACCGTCGCGCTGGATAAAGAGAAAAATGAGCTGACTTACGGATTCCAGAGTGCACAAAAGCACAAGGCGGAAGCAGCGCATTAATCTGATTGTTAGGTAGGTTGGTCAAGTCCGTAATCTCGAAAGAGGTTACgg > 1:1279752/1‑150 (MQ=255) aCGGCGGTCAGGTCACCGTCGCGCTGGATAAAGAGAAAAATGAGCTGACTTACGGATTCCAGAGTGCACAAAAGCACAAGGCGGAAGCAGCGCATTAATCTGATTGTTAGGTAGGTTGGTCAAGTCCGTAACCTCTTTCGAGATTACGGa < 1:1468181/150‑1 (MQ=255) 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gagaAAAATGAGCTGACTTACGGATTCCAGAGTGCACAAAAGCACAAGGCGGAAGCAGCGCATTAATCTGATTGTTAGGTAGGTTGGTCAAGTCCGTAATCTCGAAAGAGGTTACGGACTTTTTGTTTATGGGGTGGAGGAGGTTCAGAc < 2:609716/150‑1 (MQ=255) aaaaTGAGCTGACTTACGGATTCCAGAGTGCACAAAAGCACAAGGCGGAAGCAGAGAATTAATCTGATTGTTAGGTAGGTTGGTCAATTCGTTAATCTAGAAAGATGTTACGGACTTTTTGTTTATGTGGTGGAGGAGGTTCAGAccata > 2:33432/1‑147 (MQ=255) tGAGCTGACTTACGGATTGCAGACTGCACAAAAGCACAAGGCGGAAGCAGCGCATTAATCTGATTGTTAGGTAGGTTGGTCATGTCCGTAATCTCGAAAGAGGTTACGGACTTTTTGTTTATGGGGTTGAGGAGGTTCAGACCCtttttt < 2:1044757/150‑1 (MQ=255) gAGCTGACTTACGGATTCCAGAGTGCACAAAAGCACAAGGCGGAAGCAGCGCATTAATCTGATTGTTAGGTAGGTTGGTCAAGTCCGTAATCTCGAAAGAGGTTACGGACTTTTTGTTTATGGGGTGGAGGAGGTTCAGCCCCttttttt > 2:1358676/1‑150 (MQ=255) gAGCTGACTTACGGATTCCAGAGAGCACAAAAGCACAAGGCGGAAGCAGCGCATTAATCTGATTGTTAGGTAGGTTGGTCAAGTCCGTAATCTCGAAAGAGGTTACGGACTTTTTGTTTATGGGGTGGAGGAGGTTCAGACCCttttttt < 2:120261/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |