| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 925,580 | A→T | 11.8% | intergenic (+40/+304) | clpA → / ← serW | ATPase and specificity subunit of ClpA‑ClpP ATP‑dependent serine protease, chaperone activity/tRNA‑Ser |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 925,580 | 0 | A | T | 11.8% | 284.8 / 22.7 | 116 | intergenic (+40/+304) | clpA/serW | ATPase and specificity subunit of ClpA‑ClpP ATP‑dependent serine protease, chaperone activity/tRNA‑Ser |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/59); new base T (8/6); total (51/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.48e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
GTTCGCTGGTGGACGGCGGTCAGGTCACCGTCGCGCTGGATAAAGAGAAAAATGAGCTGACTTACGGATTCCAGAGTGCACAAAAGCACAAGGCGGAAGCAGCGCATTAATCTGATTGTTAGGTAGGTTGGTCAAGTCCGTAATCTCGAAAGAGGTTACGGACTTTTTGTTTATGGGGTGGAGGAGGTTCAGACCCTTTTTTTAATGATGATGGTAAGTTGTTGATAATTAGTGCTGCGGGAAGGTAAGGATAAAAAAGGGTGCTGCAGGAGAATGGGATGGTTTTGCTTTATTAACA > NC_000913/925431‑925728 | gTTCGCTGGTGGACGGCGGTCAGGTCACCGTCGCGCTGGATAAAGAGAAAAATGAGCTGACTTACGGATTCCAGAGTGCACAAAAGCACAAGGCGGAAGCAGCGCATTAATCTGATTGTTAGGTAGGTTGGTCAAGTCCGTAATCTCGaa > 2:432950/1‑150 (MQ=255)gTTCGCTGGTGGACGGCGGTCAGGTCACCGTCGCGCTGGATAAAGAGAAAAATGAGCTGACTTACGGATTCCAGAGTGCACAAAAGCACAAGGCGGAAGCAGCGCATTAATCTGATTGTTAGGTAGGTTGGTCAAGTCCGTAATCTCGaa < 1:1235285/150‑1 (MQ=255) gCTGGTGGACGGCGGTCAGGTCACCGTCGCGCTGGATAAAGAGAAAAATGAGCTGACTTACGGATTCCAGAGTGCACAAAAGCACAAGGCGGAAGCAGCGCATTAATCTGATTGTTAGGTAGGTTGGTCAAGTCCGTAATCTCGAAagag < 2:374515/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |