| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 65,809 | G→T | 6.9% | intergenic (‑29/+46) | polB ← / ← araD | DNA polymerase II/L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 65,809 | 0 | G | T | 6.9% | 388.3 / 13.1 | 126 | intergenic (‑29/+46) | polB/araD | DNA polymerase II/L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (61/56); new base T (6/3); total (67/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
CTCTTGCGGTGCAAGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAACTGACGGCAGAATA > NC_000913/65661‑65958 | ctctTGCGGTGCAAGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGa > 1:55124/1‑150 (MQ=255) tctTGCGGTGCAAGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAg < 1:1574152/150‑1 (MQ=255) tctTGCGGTGCAAGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAg < 2:910455/150‑1 (MQ=255) 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aaaCCAGGCTTGAGTATAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAACTg > 2:964233/1‑150 (MQ=255) aaaCCAGGCTTGAGTATAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAACTg > 2:529599/1‑150 (MQ=255) aaaCCAGGCTATACTCAAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTGACTg > 1:1163059/1‑150 (MQ=255) aaaCCAGGCTATACTCAAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAACTg > 1:97567/1‑150 (MQ=255) aaCCAGGCTTGAGTATAGCCTGGTTACGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGATTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAACTGa > 2:673021/1‑150 (MQ=255) 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tGAGTATAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCATTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAACTGACGGCAGAat > 1:1395576/1‑150 (MQ=255) gAGTATAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAACTGACGGCAGAata < 2:1596756/150‑1 (MQ=255) | CTCTTGCGGTGCAAGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAACTGACGGCAGAATA > NC_000913/65661‑65958 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |