| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 65,813 | A→C | 6.3% | intergenic (‑33/+42) | polB ← / ← araD | DNA polymerase II/L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 65,813 | 0 | A | C | 6.3% | 340.9 / 10.8 | 122 | intergenic (‑33/+42) | polB/araD | DNA polymerase II/L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (60/53); new base C (5/3); total (66/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
TTGCGGTGCAAGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAACTGACGGCAGAATA > NC_000913/65664‑65958 | tGCGGTGCAAGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGtat < 1:497280/150‑1 (MQ=255) ggTGCAAGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGc < 1:323386/150‑1 (MQ=255) gCAAGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGCCTg < 2:1678356/150‑1 (MQ=255) 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tGAGTATAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCATTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAACTGACGGCAGAat > 1:1395576/1‑150 (MQ=255) gAGTATAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAACTGACGGCAGAata < 2:1596756/150‑1 (MQ=255) | TTGCGGTGCAAGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAACTGACGGCAGAATA > NC_000913/65664‑65958 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |