| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,033,118 | T→G | 6.8% | V327G (GTC→GGC) | hyaA → | hydrogenase 1, small subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,033,118 | 0 | T | G | 6.8% | 212.4 / 4.1 | 80 | V327G (GTC→GGC) | hyaA | hydrogenase 1, small subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/44); new base G (4/2); total (34/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAGCAACCTACAGAAACCGAACATCAGCCAGGCAATGAGGATAAACAGGCATGAGCACTCAG > NC_000913/1032971‑1033265 | cacGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCg > 1:118041/1‑150 (MQ=255) acGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCgg < 1:545144/150‑1 (MQ=255) acGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCgg < 1:1489393/150‑1 (MQ=255) gCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGtt < 2:692155/150‑1 (MQ=255) tgGCGATTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTTGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCAACCGACGATACCGTCGGTTTAAACGCGCt > 2:807374/1‑150 (MQ=255) ggCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCtt < 1:1516871/150‑1 (MQ=255) gTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGc < 1:183077/150‑1 (MQ=255) tttctttcCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCg < 1:1348756/150‑1 (MQ=255) ctttcCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGCTACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCgtgg > 1:1504773/1‑150 (MQ=255) ttccataTCCAGTCTGGTCTCGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGTATCGCGGTGCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCgtggtg < 2:712294/144‑1 (MQ=255) ttcCCAATGATGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCGGTGCGGAAAATGGTTTGTGTGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCTATATTCCGCAAATGTGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCgtggtg < 2:418392/150‑1 (MQ=255) cctCCAGTCTGGGCACGGCTGCCGGGGCTGTGCGGCAAATGGGTTCTGGGCTCGCGGTTCGCTCTACAGCCGCGTGGGCGATAATCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCGTGGCGTGGTGGCAGc < 1:322040/148‑1 (MQ=255) aaTCCAGTCTGGCCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGc > 2:155872/1‑150 (MQ=255) aTCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCg > 2:1082828/1‑150 (MQ=255) aTCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCg > 1:1556585/1‑150 (MQ=255) tCCAGTCTGGTCACTGCTGCCTGGGGTGTGCGG‑ATATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGACGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACAGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGc < 2:949244/150‑1 (MQ=255) cAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCt > 2:255284/1‑150 (MQ=255) tcggggcACGGCGGCCTGGGCTGTGCGGCAAATGGTTTCTTGGCTCGCGGTTCGTTCTTCTGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCGACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGtt < 1:1080638/144‑1 (MQ=255) 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gccgATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAGCAACCTACAGAAACCGAACATCAGCCAGGCAATGAGGATa > 1:992698/1‑139 (MQ=255) gccgATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAGCAACCTACAGAAACCGAACATCAGCCAGGCAATGAGGATAAACAGGCATGa > 1:919263/1‑150 (MQ=255) tACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCAGTTGACCAGCGCAGACGTTATAACCAGCAACCTACAGAAACCGAACATCAGCCAGGCAATGAGGATAAACAGGCATGAGCACt < 1:1229253/150‑1 (MQ=255) cccGGCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAGCAACCTTCAGAAACCGAACATCAGCCAGGCAATGAGGATAAACAGGCATGAGCACTc < 1:1216558/149‑1 (MQ=255) aCCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCATCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCATCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAGCAACCTACAGAAACCGAACATCAGCCAGGCAATGAGGATAAACAGGCATGAGCACTc < 1:807374/150‑1 (MQ=255) aCCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAGCAACCTACAGAAACCGAACATCAGCCAGGCAATGAGGATAAACAGGCATGAGCACTc < 1:921557/150‑1 (MQ=255) cGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAGCAACCTACAGAAACCGAACATCAGCCAGGCAATGAGGATAAACAGGCATGAGCACTCAg < 2:1332509/150‑1 (MQ=255) | CACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCGGTTCGTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAGCAACCTACAGAAACCGAACATCAGCCAGGCAATGAGGATAAACAGGCATGAGCACTCAG > NC_000913/1032971‑1033265 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |