| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 65,814 | T→A | 6.5% | intergenic (‑34/+41) | polB ← / ← araD | DNA polymerase II/L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 65,814 | 0 | T | A | 6.5% | 358.0 / 10.9 | 122 | intergenic (‑34/+41) | polB/araD | DNA polymerase II/L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (61/53); new base A (5/3); total (66/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
TGCGGTGCAAGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAACTGACGGCAGAATATCCCC > NC_000913/65665‑65963 | tGCGGTGCAAGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGtat < 1:497280/150‑1 (MQ=255) ggTGCAAGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGc < 1:323386/150‑1 (MQ=255) gCAAGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGCCTg < 2:1678356/150‑1 (MQ=255) 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gAGTATAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAACTGACGGCAGAata < 2:1596756/150‑1 (MQ=255) taGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAACTGACGGCAGAATATcccc > 2:1242979/1‑150 (MQ=255) | TGCGGTGCAAGCGTAACCTGCAACGGCCCGTTGTCCGTCGCCAGCCAGAAGGAGACTTCTGTCCCTTGCGGGGTGTCCCGCCAGTGTCGGGTTAAGATAAAACCTGCCTGCGCCACGCTGAAAATCCATCAAAAAACCAGGCTTGAGTATAGCCTGGTTTCGTTTGATTGGCTGTGGTTTTATACAGTCATTACTGCCCGTAATATGCCTTCGCGCCATGCTTACGCAGATAGTGTTTATCCAGCAGCGTTTGCTGCATATCCGGTAACTGCGGCGCTAACTGACGGCAGAATATCCCC > NC_000913/65665‑65963 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |