| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,175,528 | T→C | 5.1% | I34I (ATT→ATC) | lolC → | lipoprotein‑releasing system transmembrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,175,528 | 0 | T | C | 5.1% | 358.4 / 6.8 | 118 | I34I (ATT→ATC) | lolC | lipoprotein‑releasing system transmembrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (58/54); new base C (2/4); total (60/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CTTTCGCTTATATACTCGTGTCTTTGCTACAGCAACCAGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTCACAGTATTGTCAGTGATGAACGGCTTTGAGCGCGAGCTGCAAAACAACATCCTTGGCCTGATGCCACAGGCAATTCTCTCTTCTGAGCATGGCTCTCTTAACCCGCAGCAACTCCCAGAAAC > NC_000913/1175379‑1175674 | cTTTCGCTTATATACTCGTGTCTTTGCTACAGCAACCAGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCTTGCAGCGGATCGCTTAGGTCGTTTAGTCTCCTGGCTTTATAACATCTGCAtt > 1:1286928/1‑150 (MQ=255)cTTTCGCTTATATACTCGTGTCTTTGCTACAGCAACCAGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCAtt > 1:247504/1‑150 (MQ=255) ttCGCTTATATACTCGTGTCTTTGCTACAGCAACCAGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTAc < 2:953962/150‑1 (MQ=255) cGCTTATATACTCGTGTCTTTGCTACAGCAACCAGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTAccc < 2:979086/150‑1 (MQ=255) tatataCTCGTGTCTTTGCTACAGCAACCAGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCgg > 1:748307/1‑150 (MQ=255) tatataCTCGTGTCTTTGCTACAGCAACCAGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCgg > 1:443161/1‑150 (MQ=255) tatataCTCGTGTCTTTGCTACAGCAACCAGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGAGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCgg > 2:1401377/1‑150 (MQ=255) tataCTCGTGTCTTTGCTACAGCAACCAGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGAGCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCgggg < 1:1131399/150‑1 (MQ=255) ataCTCGTGTCTTTGCTACAGCAACCAGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGCCATCAccccgagggt < 1:1427213/150‑8 (MQ=255) taCTCGTGTCTTTGCTACAGCAACCAGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTg > 1:1654933/1‑150 (MQ=255) cTCGTGTCTTTGCTACAGCAACCAGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGAt > 1:455741/1‑150 (MQ=255) cGTGTCTTTGCTACAGCAACCAGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATgg > 1:1015167/1‑150 (MQ=255) cGTGTCTTTGCTACAGCAACCAGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGATTCGTCTACTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCACGGGCTGATgc > 2:699869/1‑149 (MQ=255) tgtCTTTGCTACAGCAACCAGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGgcg > 2:12123/1‑150 (MQ=255) cTTTGCTACAGCAACCAGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTg < 2:1437466/150‑1 (MQ=255) ttGCTACAGCAACCAGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGt < 2:1506778/150‑1 (MQ=255) ttGCTACAGCAACCAGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGCCATCACCCCGAGGGTAATGCCGATGGt < 2:1204355/150‑1 (MQ=255) tGCTACAGCAACCAGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTc < 2:1105723/150‑1 (MQ=255) cTACAGCAACCAGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTcac > 2:200672/1‑150 (MQ=255) tACAGCAACCAGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCAGCGCCATCACCCCGAGGGTAATGCCGATGGtagaa < 2:620089/150‑5 (MQ=38) aCCAGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCAGGTCACAGTATTGt > 2:1280279/1‑150 (MQ=255) aGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTCACAGTATTGTCAg < 1:200672/150‑1 (MQ=255) gACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTCACAGTATTGTCAGt > 1:324988/1‑150 (MQ=255) 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aCCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTCACAGTATTGTCAGTGATGAACGGCTTTg < 2:1353860/150‑1 (MQ=255) aCCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTCACAGTATTGTCAGTGATGAACGGCTTTg > 2:1279019/1‑150 (MQ=255) aCCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTCACAGTATTGTCAGTGATGAACGGCTTTg > 1:1006014/1‑150 (MQ=255) aCCAACCTGACGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTCACAGTATTGTCAGTGATGAACGGCTTTg < 2:1654933/150‑1 (MQ=255) cAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCGCGGGGTGATGGCGCTGGTCACAGTATTGTCAGTGATGAACGGCTTTgcg > 2:1096882/1‑148 (MQ=255) 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tCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTCACAGTATTGTCAGTGATGAACGGCTTTGAGCGCGAGc < 1:985486/150‑1 (MQ=255) ctctATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTCAAAGTATTGTCAGTGATGAACGGCTTTGAGCGCGAGCTGc > 2:260666/1‑150 (MQ=255) tctATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTCACAGTATTGTCAGTGATGAACGGCTTTGAGCGCGAGCTGCa > 1:722650/1‑150 (MQ=255) ctATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTCACAGTATTGTCAGTGATGAACGGCTTTGAGCGCGAGCTGCaa < 1:702672/150‑1 (MQ=255) ctATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTCACAGTATTGTCAGTGATGAACGGCTTTGAGCGCGAGCTGCaa > 2:833918/1‑150 (MQ=255) 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tttCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTCACAGTATTGTCAGTGATGAACGGCTTTGAGCGCGAGCTGCAAAACAACATCCTTGGCCTGATGCCACAGGCAATTCTCTCTTCTGAGCATGGCTCTCTTAACCCgcagc < 2:1499713/150‑1 (MQ=255) tttCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTCACAGTATTGTCAGTGATGAACGGCTTTGAGCGCGAGCTGCAAAACAACATCCTTGGCCTGATGCCACAGGCAATTCTCTCTTCTGAGCATGGCTCTCTTAACCCgcagc < 2:1147197/150‑1 (MQ=255) tttCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTCACAGTATTGTCAGTGATGAACGGCTTTGAGCGCGAGCTGCAAAACAACATCCTTGGCCTGATGCCACAGGCAATTCTCTCTTCTGAGCATGGCTCTCTTAACCCgcagc < 2:324988/150‑1 (MQ=255) ctgtgaCCAGCGCCATCACCCCGAGGGTAATGCCGATGGTCACAGTATTGTCAGTGATGAACGGCTTTGAGCGCGAGCTGCAAAACAACATCCTTGGCCTGATGCCACAGGCAATTCTCTCTTCTGAGCATGGCTCTCTTAACCCgcagc > 2:1709871/6‑150 (MQ=37) cTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTCACAGTATTGTCAGTGATGAACGGCTTTGAGCGCGAGCTGCAAAACAACATCCTTGGCCTGATGCCACAGGCAATTCTCTCTTCTGAGCATGGCTCTCTTAACCCGCAGCAAc < 2:1015167/150‑1 (MQ=255) tACCAGCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTCACAGTATTGTCAGTGATGAACGGCTTTGAGCGCGAGCGGCAAAACAACATCCTTGGCCTGATGCCACAGGCAATTCTCTCTTCTGAGCATGGCTCTCTTAACCCGCAGCAACt < 1:111605/150‑1 (MQ=255) ccATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTCACAGTATTGTCAGTGATGAACGGCTTTGAGCGCGAGCTGCAAAACAACATCCTTGGCCTGATGCCACAGGCAATTCTCTCTTCTGAGCATGGCTCTCTTAACCCGCAGCAACTcc < 2:560297/150‑1 (MQ=255) ccATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTCACAGTATTGTCAGTGATGAACGGCTTTGAGCGCGAGCTGCAAAACAACATCCTTGGCCTGATGCCACAGGCAATTCTCTCTTCTGAGCATGGCTCTCTTAACCCGCAGCAACTcc < 2:682359/150‑1 (MQ=255) cATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTCACAGTATTGTCAGTGATGAACGGCTTTGAGCGCGAGCTGCAAAACAACATCCTTGGCCTGATGCCACAGGCAATTCTCTCTTCTGAGCATGGCTCTCTTAACCCGCAGCAACTccc < 2:455741/150‑1 (MQ=255) aTCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTCACAGTATTGTCAGTGATGAACGGCTTTGAGCGCGAGCTGCAAAACAACATCCTTGGCCTGATGCCACAGGCAATTCTCTCTTCTGAGCATGGCTCTCTTAACCCGCAGCAACTCCCa < 2:423286/150‑1 (MQ=255) cATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTCACAGTATTGTCAGTGATGAACGGCTTTGCGCGCGAGCTGCAAAACAACATCCTTGGCCTGATGCCACAGGCAATTCTCTCTTCTGAGCATGGCTCTCTTAACCCGCAGCAACTCCCAGAAAc > 2:356249/1‑150 (MQ=255) | CTTTCGCTTATATACTCGTGTCTTTGCTACAGCAACCAGACGGATTTCATGTACCAACCTGTCGCTCTATTTATTGGCCTGCGTTACATGCGTGGGCGTGCAGCGGATCGCTTCGGTCGTTTCGTCTCCTGGCTTTCTACCATCGGCATTACCCTCGGGGTGATGGCGCTGGTCACAGTATTGTCAGTGATGAACGGCTTTGAGCGCGAGCTGCAAAACAACATCCTTGGCCTGATGCCACAGGCAATTCTCTCTTCTGAGCATGGCTCTCTTAACCCGCAGCAACTCCCAGAAAC > NC_000913/1175379‑1175674 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |