| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,285,193 | T→A | 8.3% | W19R (TGG→AGG) | narJ → | molybdenum‑cofactor‑assembly chaperone delta subunit of nitrate reductase 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,285,193 | 0 | T | A | 8.3% | 327.9 / 13.9 | 117 | W19R (TGG→AGG) | narJ | molybdenum‑cofactor‑assembly chaperone delta subunit of nitrate reductase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (60/47); new base A (5/5); total (65/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
GGTGATGGCTGCCACGGTTCAGATACCAAATTCAATCTGTTCAACAGCCGTCGTATCGATGCCATCGATGTGACCAGCAAAACGGAGCCGCATCCATGATCGAACTCGTGATTGTATCGCGTCTCCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGAACTGTTCGACCG > NC_000913/1285044‑1285341 | ggTGATGGCTGCCACGGTTCAGATACCAAATTCAATCTGTTCAACAGCCGTCGTATCGATGCCATCGATGTGACCAGCAAAACGGAGCCGCATCCATGATCGAACTCGTGATTGTATCGCGTCTCCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTAt > 1:666585/1‑150 (MQ=255)ggTGATGGCTGCCACGGTTCAGATACCAAATTCAATCTGTTCAACAGCCGTCGTATCGATGCCATCGATGTGACCAGCAAAACGGAGCCGCATCCATGATCGAACTCGTGATTGTATCGCGTCTCCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTAt > 1:590137/1‑150 (MQ=255)ggTGATGGCTGCCACGGTTCAGATACCAAATTCAATCTGTTCAACAGCCGTCGTATCGATGCCATCGATGTGACCAGCAAAACGGAGCCGCATCCATGATCGAACTCGTGATTGTATCGCGTCTCCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTAt > 2:337910/1‑150 (MQ=255)ggTGATGGCTGCCACGGTTCAGATACCAAATTCAATCTGTTCAACAGCCGTCGTATCGATGCCATCGATGTGACCAGCAAAACGGAGCCGCATCCATGATCGAACTCGTGATTGTATCGCGTCTCCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTAt > 2:1593739/1‑150 (MQ=255) gTGATGGCTGCCACGGTTCAGATACCAAATTCAATCTGTTCAACAGCCGTCGTATCGATGCCATCGATGTGACCAGCAAAACGGAGCCGCATCCATGATCGAACTCGTGATTGTATCGCGTCTCCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTATg < 1:1292664/150‑1 (MQ=255) tGATGGCTGCCACGGTTCAGATACCAAATTCAATCTGTTCAACAGCCGTCGTATCGATGCCATCGATGTGACCAGCAAAACGGAGCCGCATCCATGATCGAACTCGTGATTGTATCGCGTCTCCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTATgg < 1:321065/150‑1 (MQ=255) gATGGCTGCCACGGTTCAGATACCAAATTCAATCTGTTCAACAGCCGTCGTATCGATGCCATCGATGTGACCAGCAAAACGGAGCCGCATCCATGATCGAACTCGTGATTGTATCGCGTCTCCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTATGgc > 1:446266/1‑150 (MQ=255) gATGGCTGCCACGGTTCAGATACCAAATTCAATCTGTTCAACAGCCGTCGTATCGATGCCATCGATGTGACCAGCAAAACGGAGCCGCATCCATGATCGAACTCGTGATTGTATCGCGTCTCCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTATGgc < 1:586834/150‑1 (MQ=255) 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aTCGCGTCTCCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGA‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGa > 2:1687773/1‑150 (MQ=255) tCGCGTCTCCTTGAATTTCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGGCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGAt < 2:319993/150‑1 (MQ=255) cgcgTCTCCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATg < 2:1191377/150‑1 (MQ=255) cgcgTCTCCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATg < 2:1552085/150‑1 (MQ=255) ctcCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAg > 2:1030643/1‑150 (MQ=255) tcCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAgg < 1:1182686/150‑1 (MQ=255) tcCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAgg > 2:387002/1‑150 (MQ=255) tGAATATCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TAGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCa > 1:1566078/1‑150 (MQ=255) gAATATCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAg < 1:336040/150‑1 (MQ=255) atatCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTa > 2:1691484/1‑150 (MQ=255) 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gcCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGAACAGCGAACTGTTc > 2:1570870/1‑150 (MQ=255) gcCATAAGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGAACTGTTc > 1:1718587/1‑150 (MQ=255) | GGTGATGGCTGCCACGGTTCAGATACCAAATTCAATCTGTTCAACAGCCGTCGTATCGATGCCATCGATGTGACCAGCAAAACGGAGCCGCATCCATGATCGAACTCGTGATTGTATCGCGTCTCCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGAACTGTTCGACCG > NC_000913/1285044‑1285341 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |