| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,311,285 | A→C | 7.1% | E66A (GAG→GCG) ‡ | tonB → | membrane spanning protein in TonB‑ExbB‑ExbD transport complex |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,311,285 | 0 | A | C | 7.1% | 243.4 / 9.3 | 85 | E66A (GAG→GCG) ‡ | tonB | membrane spanning protein in TonB‑ExbB‑ExbD transport complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/43); new base C (3/3); total (39/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.57e-01 | |||||||||||
GGTCTGCATTCATGGTGCTGTTGTGGCGGGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTCAAAC > NC_000913/1311136‑1311434 | ggTCTGCATTCATGGTGCTGTTGTGGCGGGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGa > 2:1591047/1‑150 (MQ=255) cTGCATTCATGGTGCTGTTGTGGCGGGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCGGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACGCCTACTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGcc < 1:324034/150‑1 (MQ=255) tGCATTCATGGTGCTGTTGTGGCGGGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCCCAAGCCGTTCAGCCGCCCCCGGAGCCg > 2:288464/1‑150 (MQ=255) 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aGCCGCCACCGGAGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAAc > 2:739018/1‑150 (MQ=255) gccgccACCGGAGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGCAGCCGGAGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAACcg > 2:1302973/1‑150 (MQ=255) cgccACCGGAGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAAcgcg < 2:1536929/150‑1 (MQ=255) ccACCGGAGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGCACCTTAGCCGATCCCCGAAACGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCAGAATCCGAAACCTAAGCCAAAACCGACGCCGGTGAATAAGGTACAGGAGCCGCCAAACCGCGag > 2:220190/1‑149 (MQ=255) caaCCGGAGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGAt < 1:753226/148‑1 (MQ=255) cACCGGAGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATg < 2:1568290/150‑1 (MQ=255) ccGGAGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTc < 2:453673/150‑1 (MQ=255) aGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTCAAAc < 1:1528135/150‑1 (MQ=255) | GGTCTGCATTCATGGTGCTGTTGTGGCGGGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTCAAAC > NC_000913/1311136‑1311434 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |