| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,311,286 | G→T | 5.8% | E66D (GAG→GAT) ‡ | tonB → | membrane spanning protein in TonB‑ExbB‑ExbD transport complex |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,311,286 | 0 | G | T | 5.8% | 269.0 / 5.2 | 86 | E66D (GAG→GAT) ‡ | tonB | membrane spanning protein in TonB‑ExbB‑ExbD transport complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (37/44); new base T (2/3); total (39/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
CTGCATTCATGGTGCTGTTGTGGCGGGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTCAAAC > NC_000913/1311139‑1311434 | cTGCATTCATGGTGCTGTTGTGGCGGGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCGGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACGCCTACTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGcc < 1:324034/150‑1 (MQ=255) tGCATTCATGGTGCTGTTGTGGCGGGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCCCAAGCCGTTCAGCCGCCCCCGGAGCCg > 2:288464/1‑150 (MQ=255) gCATTCATGGTGCTGTTGTGGCGGGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGCCgg > 2:876458/1‑150 (MQ=255) 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ccGGAGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTc < 2:453673/150‑1 (MQ=255) aGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTCAAAc < 1:1528135/150‑1 (MQ=255) | CTGCATTCATGGTGCTGTTGTGGCGGGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTGTCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGGAGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAACCGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAGCCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTCAAAC > NC_000913/1311139‑1311434 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |