| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,314,683 | T→A | 12.5% | intergenic (+25/+35) | ompW → / ← yciE | outer membrane protein W/putative rubrerythrin/ferritin‑like metal‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,314,683 | 0 | T | A | 12.5% | 194.1 / 18.1 | 80 | intergenic (+25/+35) | ompW/yciE | outer membrane protein W/putative rubrerythrin/ferritin‑like metal‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/38); new base A (7/3); total (39/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.56e-01 | |||||||||||
ACATGTCAGTGTGGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCT > NC_000913/1314534‑1314832 | aCATGTCAGTGTGGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAat > 1:1701662/1‑150 (MQ=255) tCAGTGTGGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACg < 2:1091468/150‑1 (MQ=255) gcAGTGTGGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACg < 2:1097482/149‑1 (MQ=255) aGTGTGGTACATGGATATCGATACCACCGCTAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACggg < 1:908173/150‑1 (MQ=255) gtgGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTc < 2:890445/150‑1 (MQ=255) tgGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTATATTACGGGGTcg < 1:382487/150‑2 (MQ=255) cATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAg > 2:612089/1‑150 (MQ=255) gtttatCGATCCCACCGCAAATTATAAGCTGGGCGTTGCACATCAACACGATAGCGAACGCGTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCTGCAGGATATCGTTTTTAATCCCGAAAAAAAACGACCCCGAAATAAACGGGGTAAATAAGGAc < 2:558338/147‑1 (MQ=255) ggATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGAc < 2:1443719/150‑1 (MQ=255) ggATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGACAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGAc < 1:578590/150‑1 (MQ=255) gATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGGCAATAAGGACa > 2:1397054/1‑150 (MQ=255) atatCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACAt > 2:1450591/1‑150 (MQ=255) atCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCTTACGCCTCGATCCGTGTGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATgg < 1:1198017/150‑1 (MQ=255) 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cGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATTGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCaga > 1:1067479/1‑150 (MQ=255) gATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCagag < 2:1293552/150‑1 (MQ=255) gATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCagag > 1:493761/1‑150 (MQ=255) aTAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGc < 2:87020/150‑1 (MQ=255) tAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCg < 1:792648/150‑1 (MQ=255) 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tttATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGc > 1:933624/1‑150 (MQ=255) aTGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGAAATATACGGGGTCAATAATGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGa < 2:1366478/150‑1 (MQ=255) tGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCTCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGGAGTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGaa < 1:353833/150‑1 (MQ=255) gTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAat > 1:870056/1‑150 (MQ=255) gTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAat > 1:278521/1‑150 (MQ=255) 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ACATGTCAGTGTGGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATATACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAAATCGCT > NC_000913/1314534‑1314832 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |