| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,376,954 | T→A | 5.2% | C41* (TGT→TGA) ‡ | ycjS → | putative NADH‑binding oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,376,954 | 0 | T | A | 5.2% | 271.3 / 4.1 | 96 | C41* (TGT→TGA) ‡ | ycjS | putative NADH‑binding oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/41); new base A (3/2); total (53/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TGGTTGCGTACCTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTACGAACATACCCTGA > NC_000913/1376805‑1377102 | tGGTTGCGTACCTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGctgtctgt < 1:1281513/150‑1 (MQ=255) gTTGCGTACCTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGa < 1:1368029/150‑1 (MQ=255) gCGTAACTGCAAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATACTAGGCGCAGGCCAGGTGGTGGATAAGGTGCATGCTACGAACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAg < 1:253272/150‑1 (MQ=255) 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cccGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCAc > 1:1009619/1‑150 (MQ=255) tCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCCTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAAAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGttt < 2:1203853/150‑1 (MQ=255) cTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGtttt > 2:1317247/1‑150 (MQ=255) tGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTc < 1:776497/150‑1 (MQ=255) ggAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCATAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATACGCAGGCCATGCTGATGGCGGTGAAACAGGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTATCa > 2:223343/1‑150 (MQ=255) 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tggtggCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTACg < 1:321907/150‑1 (MQ=255) tggtggCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTACg > 1:1379957/1‑150 (MQ=255) gtggCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTACGaa > 2:749615/1‑150 (MQ=255) gcggCTGTCACAGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCCTCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCGGGCGGTGAACCCTGATGTGGTTCGCGTCGGCTCACCTAACCGTGTTCATGACgcc > 1:835994/3‑148 (MQ=255) gcggCTGTCACAGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTACGaa > 1:1219726/3‑150 (MQ=255) 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gtgACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTACGAACATACCCTGa > 2:1293320/1‑150 (MQ=255) | TGGTTGCGTACCTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTACGAACATACCCTGA > NC_000913/1376805‑1377102 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |