| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,475,557 | G→T | 6.8% | L138L (CTG→CTT) | ydbD → | PF10971 family putative periplasmic methylglyoxal resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,475,557 | 0 | G | T | 6.8% | 282.6 / 5.1 | 95 | L138L (CTG→CTT) | ydbD | PF10971 family putative periplasmic methylglyoxal resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/44); new base T (3/4); total (47/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGATTGTTCTTGGGAATTTGACAGTCAAAGGTAATATTTCCACTTTCTCTCTTTCTAATCCATGGGTTATTCTCGGTAACGTGACGGCAACGAATATAGTTGCGGATTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTCATGGTCCGTGCGAGTGACAAACATG > NC_000913/1475408‑1475702 | ttgattgTTCTTGGGAATTTGACAGTCAAAGGTAATATTTCCACTTTCTCTCTTTCTAATCCATGGGTTATTCTCGGTAACGTGACGGCAACGAATATAGTTGCGGATTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTg < 1:1153646/150‑1 (MQ=255) atagTTCTTGGGAATTTGACAGTCAAAGGTAATATTTCCACTTTCTCTCTTTCTAATCCATGGGTTATTCTCGGTAACGTGACGGCAACGAATATAGTTGCGGATTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTa > 2:927485/4‑150 (MQ=255) ttgTTCTTGGGAATTTGACAGTCAAAGGTAATTTTTCCACTTTCTCTCTTTCTAATCCATGGGTTATTCTCGGTAACGTGACGGCAACGAATATAGTTGCGGATTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTAt < 2:1537274/150‑1 (MQ=255) 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ccacTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAAt < 1:1314432/150‑1 (MQ=255) ccacTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAAt < 1:154719/150‑1 (MQ=255) aTTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCTTATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTc > 1:1203940/1‑150 (MQ=255) aTTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAAtta > 2:495700/1‑149 (MQ=255) ccGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTCATgg < 1:159114/150‑1 (MQ=255) agtCGATAAATACCAGTCCACTTGCATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCTCGTGGGATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTCATGGTcc > 2:89496/3‑150 (MQ=255) ttCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTCATGGTCCg < 1:223213/150‑1 (MQ=255) cGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGAAATAATTGCACCTGTTGTTGAGTCTTCGACAAATAGTGAATTCATTGTCAGTg > 2:1682811/1‑150 (MQ=255) aaTGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTCATGGTCCGTGCGAGt > 1:681428/1‑150 (MQ=255) cAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTCATGGTCCg < 1:1458423/139‑1 (MQ=255) cAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTCATGGTCCg > 2:1458423/1‑139 (MQ=255) aaGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGTGGAGTATTAATTCGCGTGGTATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTAATGGTCAGTGCTAGTGACaa > 1:1447730/1‑150 (MQ=255) aGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTCATGGTCCGTGCGAGTGACaaa > 2:379872/1‑150 (MQ=255) ggTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTCATGGTCCGTGCGAGTGACAAACATg > 1:1401130/1‑146 (MQ=255) ggTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTCATGGTCCGTGCGAGTGACAAACATg < 2:1401130/146‑1 (MQ=255) | TTGATTGTTCTTGGGAATTTGACAGTCAAAGGTAATATTTCCACTTTCTCTCTTTCTAATCCATGGGTTATTCTCGGTAACGTGACGGCAACGAATATAGTTGCGGATTCACCACTGTTAATTACCGGTTCGATAAATGCAAGTGGACTGGTATTTATCGACTCATATTACGATAATCCGTCTACGATTAAGGGGAGTATTAATGCGCGTGGGATATTTATCAATGACATAATTGCACCTGTTGTTGCGTCTTCGACAAATAGTGAATTCATGGTCCGTGCGAGTGACAAACATG > NC_000913/1475408‑1475702 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |