| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,516,403 | G→C | 5.9% | A276P (GCT→CCT) | patD → | gamma‑aminobutyraldehyde dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,516,403 | 0 | G | C | 5.9% | 281.5 / 6.5 | 85 | A276P (GCT→CCT) | patD | gamma‑aminobutyraldehyde dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/35); new base C (2/3); total (46/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.85e-01 | |||||||||||
TCGCCACCGGCGAGCACATCATCAGCCATACCGCGTCGTCCATTAAGCGTACTCATATGGAACTTGGTGGCAAAGCGCCAGTGATTGTTTTTGATGATGCGGATATTGAAGCAGTGGTCGAAGGTGTACGTACATTTGGCTATTACAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGCTG > NC_000913/1516254‑1516552 | tCGCCACCGGCGAGCGCATCATCAGCCATACCGCGTCGTCCATTAAGCGTACTCATATGGAACTTGGTGGCAAAGCGCCAGTGATTGTTTTTGATGATGCGGATATTGAAGCAGTGGTCGAAGGTGTACGTACATTTGGCTATTACAATg > 1:1383045/1‑150 (MQ=255)tCGCCACCGGCGAGCACATCATCAGCCATACCGCGTCGTCCATTAAGCGTACTCATATGGAACTTGGTGGCAAAGCGCCAGTGATTGTTTTTGATGATGCGGATATTGAAGCAGTGGTCGAAGGTGTACGTACATTTGGCTATTACAATg > 1:596131/1‑150 (MQ=255)tCGCCACCGGCGAGCACATCATCAGCCATACCGCGTCGTCCATTAAGCGTACTCATATGGAACTTGGTGGCAAAGCGCCAGTGATTGTTTTTGATGATGCGGATATTGAAGCAGTGGTCGAAGGTGTACGTACATTTGGCTATTACAATg > 1:468961/1‑150 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tgtACGTACATTTGGCTATTACAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACATTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTAc > 1:1298691/1‑150 (MQ=255) acgtacATTTGGCTATTACAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGa < 1:1327964/150‑1 (MQ=255) tATTACAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTa < 1:195941/150‑1 (MQ=255) tATTACAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTa < 1:10233/150‑1 (MQ=255) tATTACAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGACATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTa > 1:610926/1‑150 (MQ=255) aTTACAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTaa > 1:1607898/1‑150 (MQ=255) ttACAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGAGCAAAAATGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTaat > 1:229313/1‑149 (MQ=255) tACAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGc > 2:20322/1‑150 (MQ=255) cAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCAAGATGACGAGTATACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTc > 1:51553/1‑150 (MQ=255) aaTGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGGCGGCTCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCg < 2:329294/150‑1 (MQ=255) aTGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGc > 2:754174/1‑150 (MQ=255) gCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGCTg > 2:967017/1‑150 (MQ=255) | TCGCCACCGGCGAGCACATCATCAGCCATACCGCGTCGTCCATTAAGCGTACTCATATGGAACTTGGTGGCAAAGCGCCAGTGATTGTTTTTGATGATGCGGATATTGAAGCAGTGGTCGAAGGTGTACGTACATTTGGCTATTACAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGCTG > NC_000913/1516254‑1516552 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |