| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,516,408 | A→C | 5.5% | G277G (GGA→GGC) ‡ | patD → | gamma‑aminobutyraldehyde dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,516,408 | 0 | A | C | 5.5% | 264.1 / 5.5 | 91 | G277G (GGA→GGC) ‡ | patD | gamma‑aminobutyraldehyde dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/37); new base C (2/3); total (49/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.21e-01 | |||||||||||
CGGCGAGCACATCATCAGCCATACCGCGTCGTCCATTAAGCGTACTCATATGGAACTTGGTGGCAAAGCGCCAGTGATTGTTTTTGATGATGCGGATATTGAAGCAGTGGTCGAAGGTGTACGTACATTTGGCTATTACAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGCTGGCGC > NC_000913/1516261‑1516556 | cGGCGAGCACATCATCAGCCATACCGCGTCGTCCATTAAGCGTACTCATATGGAACTTGGTGGCAAAGCGCCAGTGATTGTTTTTGATGATGCGGATATTGAAGCAGTGGTCGAAGGTGTACGTACATTTGGCTATTACAATGCTGGACa < 2:3760/150‑1 (MQ=255) ggCGAGCACATCATCAGCCATACCGCGTCGTCCATTAAGCGTACTCATATGGAAGTTGGTGGCAAAGCGCCAGTGATTGTTTTTGATGATGCGGATATTGAAGCAGTGGTCGAAGGTGTACGTACATTTGGCTATTACAATGCTGGACAg > 1:295633/1‑150 (MQ=255) gCGAGCACATCATCAGCCATACCGCGTCGTCCATTAAGCGTACTCATATGGAACTTGGTGGCAAAGCGCCAGTGATTGTTTTTGATGATGCGGATATTGAAGCAGTGGTCGAAGGTGTACGTACATTTGGCTATTACAATGCTGGACAgg < 2:648404/150‑1 (MQ=255) 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aTTACAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTaa > 1:1607898/1‑150 (MQ=255) ttACAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGAGCAAAAATGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTaat > 1:229313/1‑149 (MQ=255) tACAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGc > 2:20322/1‑150 (MQ=255) cAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCAAGATGACGAGTATACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTc > 1:51553/1‑150 (MQ=255) aaTGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGGCGGCTCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCg < 2:329294/150‑1 (MQ=255) aTGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGc > 2:754174/1‑150 (MQ=255) gCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGCTg > 2:967017/1‑150 (MQ=255) cTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGCTgg > 1:704748/1‑150 (MQ=255) tGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGCTGgc < 1:1663514/150‑1 (MQ=255) tGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGCTGgc < 2:399887/150‑1 (MQ=255) ggACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGCTGgcg > 2:429626/1‑150 (MQ=255) gACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGCTGgcgc < 2:434168/150‑1 (MQ=255) | CGGCGAGCACATCATCAGCCATACCGCGTCGTCCATTAAGCGTACTCATATGGAACTTGGTGGCAAAGCGCCAGTGATTGTTTTTGATGATGCGGATATTGAAGCAGTGGTCGAAGGTGTACGTACATTTGGCTATTACAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGCTGGCGC > NC_000913/1516261‑1516556 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |