| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,516,412 | G→C | 5.8% | D279H (GAT→CAT) | patD → | gamma‑aminobutyraldehyde dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,516,412 | 0 | G | C | 5.8% | 285.1 / 6.6 | 87 | D279H (GAT→CAT) | patD | gamma‑aminobutyraldehyde dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/35); new base C (2/3); total (48/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.41e-01 | |||||||||||
GCGAGCACATCATCAGCCATACCGCGTCGTCCATTAAGCGTACTCATATGGAACTTGGTGGCAAAGCGCCAGTGATTGTTTTTGATGATGCGGATATTGAAGCAGTGGTCGAAGGTGTACGTACATTTGGCTATTACAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGCTGGCGCATCTC > NC_000913/1516263‑1516561 | gCGAGCACATCATCAGCCATACCGCGTCGTCCATTAAGCGTACTCATATGGAACTTGGTGGCAAAGCGCCAGTGATTGTTTTTGATGATGCGGATATTGAAGCAGTGGTCGAAGGTGTACGTACATTTGGCTATTACAATGCTGGACAgg < 2:648404/150‑1 (MQ=255)gCGAGCACATCATCAGCCATACCGCGTCGTCCATTAAGCGTACTCATATGGAACTTGGTGGCAAAGCGCCAGTGATTGTTTTTGATGATGCGGATATTGAAGCAGTGGTCGAAGGTGTACGTACATTTGGCTATTACAATGCTGGACAgg < 1:1380311/150‑1 (MQ=255) gCACATCATCAGCCATACCGCGTCGTCCATTAAGCGTACTCATATGGAACTTGGTGGCAAAGCGCCAGTGATTGTTTTTGATGATGCGGATATTGAAGCAGTGGGCGAAGGTGTACGTACATTTGGCTATTACAATGCTGGACAGGATTg < 1:1370215/150‑1 (MQ=255) 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tATTACAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTa < 1:10233/150‑1 (MQ=255) tATTACAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTa < 1:195941/150‑1 (MQ=255) tATTACAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGACATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTa > 1:610926/1‑150 (MQ=255) aTTACAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTaa > 1:1607898/1‑150 (MQ=255) ttACAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGAGCAAAAATGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTaat > 1:229313/1‑149 (MQ=255) tACAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGc > 2:20322/1‑150 (MQ=255) cAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCAAGATGACGAGTATACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTc > 1:51553/1‑150 (MQ=255) aaTGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGGCGGCTCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCg < 2:329294/150‑1 (MQ=255) aTGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGc > 2:754174/1‑150 (MQ=255) gCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGCTg > 2:967017/1‑150 (MQ=255) cTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGCTgg > 1:704748/1‑150 (MQ=255) tGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGCTGgc < 1:1663514/150‑1 (MQ=255) tGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGCTGgc < 2:399887/150‑1 (MQ=255) ggACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGCTGgcg > 2:429626/1‑150 (MQ=255) gACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGCTGgcgc < 2:434168/150‑1 (MQ=255) ggATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGCTGGCGCAtct > 2:170940/1‑150 (MQ=255) gATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGCTGGCGCAtctc > 1:720046/1‑150 (MQ=255) gATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGCTGGCGCAtctc < 2:1607898/150‑1 (MQ=255) gATTGTACTGCGGCGTGTAGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGatgcgccagcgagcttaaaggtccaagctccgtagactcgtcatctggcgcaccag < 2:1077586‑M1/150‑57 (MQ=255) | GCGAGCACATCATCAGCCATACCGCGTCGTCCATTAAGCGTACTCATATGGAACTTGGTGGCAAAGCGCCAGTGATTGTTTTTGATGATGCGGATATTGAAGCAGTGGTCGAAGGTGTACGTACATTTGGCTATTACAATGCTGGACAGGATTGTACTGCGGCTTGTCGGATCTACGCGCAAAAAGGCATTTACGATACGCTGGTGGAAAAACTGGGTGCTGCGGTGGCAACGTTAAAATCTGGTGCGCCAGATGACGAGTCTACGGAGCTTGGACCTTTAAGCTCGCTGGCGCATCTC > NC_000913/1516263‑1516561 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |