| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,647,876 | A→G | 7.7% | intergenic (‑26/‑58) | dicC ← / → dicA | Qin prophage; DNA‑binding transcriptional regulator for DicB/Qin prophage; putative regulator for DicB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,647,876 | 0 | A | G | 7.7% | 217.4 / 8.0 | 78 | intergenic (‑26/‑58) | dicC/dicA | Qin prophage; DNA‑binding transcriptional regulator for DicB/Qin prophage; putative regulator for DicB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/40); new base G (3/3); total (35/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.01e-01 | |||||||||||
GCATCGCGCGACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCTTGCTAAAGCCCTGA > NC_000913/1647727‑1648024 | gCATCGCGCGACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCAta < 2:297657/150‑1 (MQ=255) cATCGCGCGACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCAtaa > 1:326622/1‑150 (MQ=255) cATCGCGCGACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCAtaa > 2:1710259/1‑150 (MQ=255) cATCGCGCGACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTAAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCAtaa > 1:314561/1‑150 (MQ=255) tCGCGCGACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCAtaact > 1:1516020/1‑150 (MQ=255) tCGCGCGACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCAtaact < 1:1480875/150‑1 (MQ=255) cgcgcgACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCAtaacta < 2:259446/150‑1 (MQ=255) cgcgcgACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCAtaacta < 2:460480/150‑1 (MQ=255) 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acacCTTTATTTTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGTAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAgg < 2:1565142/150‑1 (MQ=255) acacCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAgg < 2:314561/150‑1 (MQ=255) tttATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAAC‑AAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCtt > 1:191259/1‑150 (MQ=255) tatcttGTTAGTTATGACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTctct > 2:1601049/5‑150 (MQ=255) tcttGTTAGTTATGACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCTTg > 1:859312/3‑150 (MQ=255) cttGTTAGTTATGACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAgg < 1:302266/141‑1 (MQ=255) cttGTTAGTTATGACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAgg > 2:302266/2‑142 (MQ=255) aTTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGGCTATACGATTTAGCATTAGATAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGAATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCTTGc < 2:1119479/150‑1 (MQ=255) ttGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCTTGCt > 2:333444/1‑150 (MQ=255) taactaacAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCTTGCTAAAGCCCTGa > 2:505444/1‑150 (MQ=255) | GCATCGCGCGACCTTCGGGAACTAAATCCCCTTTCCAGCTATAAAGCGAAGCCAAACGAATACCTGCTGCTTGTGCAAGTTTTGTTTTTGAACCGAAATACAAAAGAGCGTCAGTTTTAAGCATTTAAAACACCTTTATTGTTAGTCATAACTAACAAGATAGATGTTAACAAAAACATAGTCAATACGATTTAGCATTAGCTAACTATGGAAACAAAAAATTTAACTATCGGCGAACGCATCAGGTATCGTCGGAAAAACCTCAAACACACCCAAAGGTCTCTTGCTAAAGCCCTGA > NC_000913/1647727‑1648024 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |