Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,657,901 | A→T | 5.2% | intergenic (+31/‑168) | ynfD → / → ynfE | DUF1161 family periplasmic protein/putative selenate reductase, periplasmic |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,657,901 | 0 | A | T | 5.2% | 339.4 / 5.9 | 114 | intergenic (+31/‑168) | ynfD/ynfE | DUF1161 family periplasmic protein/putative selenate reductase, periplasmic |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (52/56); new base T (3/3); total (55/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.69e-01 |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GGTCGTCGGCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCAATATATAAACTTTTATATAACGATA > NC_000913/1657753‑1658050 | ggTCGTCGGCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACaaa < 2:118886/150‑1 (MQ=255) ggCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCg < 2:903054/150‑1 (MQ=255) ggCCATTGCGCTAATGATACGCATAAAATTCTCTATACCCGCACCACCAGCGGTAACGTCTCTGCTCCCGCGCAGTCTAGCCAGGATGGCGCGCCTGCCGAACCGCAGTAACACATTATCGACTGAACGCCGGATATGACAAATCCGGCg < 1:1158806/150‑1 (MQ=255) 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gATATGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCAATATATAAACTTTtat > 2:1278945/1‑150 (MQ=255) atGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCTCGCTAAATATTCAATATATAAACTTTtatata > 1:200997/1‑150 (MQ=255) tGACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCAATATATAAACTTTTATATaa > 1:1064413/1‑150 (MQ=255) gACAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCAATATATAAACTTTTATATAAc > 1:1576753/1‑150 (MQ=255) aCAAATCCGGCGATTTGAACATACAACATAATCCCACCTTATTACTCATACCCTTCTATTGATATGGATTAATAATTCTTAACCCAAAATGGGTAGACTCCCTCTATTGTTAGCGCGCTAAATATTCAATATATAAACTTTTATATAACg > 1:1082173/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |