| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,674,178 | A→C | 8.4% | E89A (GAG→GCG) ‡ | tqsA → | pheromone AI‑2 transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,674,178 | 0 | A | C | 8.4% | 242.2 / 11.5 | 83 | E89A (GAG→GCG) ‡ | tqsA | pheromone AI‑2 transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/34); new base C (3/4); total (45/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 | |||||||||||
CGCATTATTTATTGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTC > NC_000913/1674029‑1674323 | cGCATTATTTATTGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGa > 2:1501154/1‑150 (MQ=255) gCATTATTTATTGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAg > 2:1045362/1‑150 (MQ=255) gCATTATTTATTGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAg < 1:1433058/150‑1 (MQ=255) cATTATTTATTGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGt > 2:9344/1‑150 (MQ=255) atttattGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑c > 1:867492/1‑150 (MQ=255) tattGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCG‑TCAACTCGTTGagcgcg < 2:1414187/150‑6 (MQ=255) attGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGGGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCgg < 2:1606302/150‑1 (MQ=255) ttGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCG‑TCAACTCGTTGAGCGCGGa < 1:1508389/150‑1 (MQ=255) tGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACTTGGGCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCTATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCG‑TCAACTCGTTGAGCGCGGaa < 1:394990/150‑2 (MQ=255) tGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGtt > 1:210950/1‑150 (MQ=255) gTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTa > 1:1275332/1‑150 (MQ=255) gTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTa > 1:1702261/1‑150 (MQ=255) ttATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCG‑TCAACTCGTTGAGCGCGGaacccag < 2:1390103/150‑7 (MQ=255) tATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTAcc < 1:963923/150‑1 (MQ=255) aTTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCg < 1:703945/150‑1 (MQ=255) aTTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCg > 1:90649/1‑150 (MQ=255) tCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCa > 2:409952/1‑150 (MQ=255) cGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGAAGTTACCGCAATATCGCa > 1:1220800/1‑150 (MQ=255) 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atgaCCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGAc < 1:33962/150‑1 (MQ=255) aCCATCATCGTGATGGCGATGGTGCTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGtc > 1:635171/1‑150 (MQ=255) ccATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCACAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGtct > 2:1118486/1‑150 (MQ=255) catcatCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGtctc < 2:755130/150‑1 (MQ=255) tcatcGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAg < 1:928798/150‑1 (MQ=255) 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ggtaacgtCCGCG‑TCAACTCGTTGAGCGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCACCGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAAcgc > 2:193347/8‑150 (MQ=255) gtaacgtCCGCG‑TCAACTCGTTGAGCGCGGACGTTACCGCAATATCGCCACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGCCGTCTCAGTTGCCCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGCTcgcg > 1:1642687/7‑150 (MQ=255) gggTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACgcggc < 2:1707088/150‑1 (MQ=255) gggTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACgcggc < 2:1244514/150‑1 (MQ=255) cgtCCGCG‑TCAACTCGTTGAGCGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGa > 1:541453/3‑150 (MQ=255) ttCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCACAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGAt < 1:1118486/150‑1 (MQ=255) tCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATg < 1:1614907/150‑1 (MQ=255) tCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATg > 1:204870/1‑150 (MQ=255) tCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATg < 1:1197835/150‑1 (MQ=255) cgcgCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGAc > 1:1712949/1‑150 (MQ=255) cTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTg > 1:686328/1‑150 (MQ=255) cAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCt > 2:1374491/1‑150 (MQ=255) cAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCt > 2:1200532/1‑150 (MQ=255) aaCGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTc > 2:711217/1‑150 (MQ=255) aaCGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTAGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTc > 1:1707256/1‑150 (MQ=255) | CGCATTATTTATTGCTGTTATTCTTAACCCGCTGGTGCAACACATGGTCCGCTGGCGTGTGCCGCGTGTACTGGCGGTGTCGATTTTGATGACCATCATCGTGATGGCGATGGTGTTGCTATTAGCTTATCTGGGTTCCGCGCTCAACGAGTTGA‑CGCGGACGTTACCGCAATATCGCAACTCTATTATGACGCCGCTGCAAGCGCTTGAACCGTTGTTGCAACGCGTAGGGATTGACGTCTCAGTTGACCAGCTGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTC > NC_000913/1674029‑1674323 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |