| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,682,899 | C→A | 6.2% | I6I (ATC→ATA) | rstB → | sensory histidine kinase of RstAB two‑component system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,682,899 | 0 | C | A | 6.2% | 230.6 / 2.8 | 76 | I6I (ATC→ATA) | rstB | sensory histidine kinase of RstAB two‑component system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/34); new base A (3/2); total (40/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGGATCGTAGCGTGGACGTGGCTATTTCGCGGTTAAGAAAAAAACTGCTCGATAACGCCGCAGAACCTTATCGCATTAAAACTGTGCGTAACAAAGGCTATCTTTTTGCGCCTCATGCATGGGAATAAGCGATGAAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAGTTCGCTGTATCTGATGCGCAGCGAATTGCGT > NC_000913/1682750‑1683046 | cTGGATCGTAGCGTGGACGTGGCTATTTCGCGGTTAAGAAAAAAACTGCTCGATAACGCCGCAGAACCTTATCGCATTAAAACTGTGCGTAACAAAGGCTATCTTTTTGCGCCTCATGCATGGGAATAAGCGATGAAAAAACTGTTTATc > 2:65753/1‑150 (MQ=255) aTCGTAGCGTGGACGTGGCTATTTCGCGGTTAAGAAAAAAACTGCTCGATAACGCCGCAGAACCTTATCGCTTTAAAACTGTGCGTAACAAAGGCTATCTTTTTGCGCCTCATGCATGGGAATAAGCGATGAAAAAACTGTTTATCCAGt < 1:1346783/150‑1 (MQ=255) aTCGTAGCGTGGACGTGGCTATTTCGCGGTTAAGAAAAAAACTGCTCGATAACGCCGCAGAACCTTATCGCATTAAAACTGTGCGTAACAAAGGCTATCTTTTTGCGCCTCATGCATGGGAATAAGCGATGAAAAAACTGTTTATCCAGt > 2:298670/1‑150 (MQ=255) 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cAAAGGCTATCTTTTTGCGCCTCATGCATGGGAATAAGCGATGAAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACa < 1:402042/150‑1 (MQ=255) acaataatATCTTTTTGCGCCTCATGCATGGGAATAAGCGATGAAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACa > 2:439869/8‑150 (MQ=255) aGGCTATCTTTTTGCGCCTCATGCATGGGAATAAGCGATGAAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTc < 1:464853/150‑1 (MQ=255) cTATCTTTTTGCGCCTCATGCATGGGAATAAGCGATGAAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCt < 1:1187498/150‑1 (MQ=255) aTCTTTTTGCGCCTCATGCATGGGAATAAGCGATGAAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTgg < 1:181471/150‑1 (MQ=255) 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cTCATGCATGGGAATAAGCGATGAAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTtgatga < 2:399700/150‑1 (MQ=255) catgcatgGGAATAAGCGATGAAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAAc > 2:1417888/1‑150 (MQ=255) catgcatgGGAATAAGCGATGAAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAAc > 1:1702183/1‑150 (MQ=255) catgcatgGGAATAAGCGATGAAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAAc < 1:352980/150‑1 (MQ=255) tgcatgGGAATAAGCGATGAAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACTCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAg > 1:204900/1‑150 (MQ=255) 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gAATAAGCGATGAAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAGTTCGCTg < 1:298670/150‑1 (MQ=255) cGATGAAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAGTTCGCTGTATCTGa > 1:868887/1‑150 (MQ=255) cGATGAAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAGTTCGCTGTATCTGa > 1:1251855/1‑150 (MQ=255) gATGAAAAAACTCTTTAACCAGTTTTAACTGTTAAACTTTGAGAGCAACCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTAACCCCGAACGCGCGCCCAAACAGACGCTGCATGAATAGATGAACAGATCGCAGTATCTGAt > 2:588528/1‑150 (MQ=255) caggtaaaaCTGGATAAACAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAGTTCGCTGTATCTGATg > 1:1688512/6‑150 (MQ=255) aTGAAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAGTTCGCTGTATCTGATg > 1:398025/1‑150 (MQ=255) tGAAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAGTTCGCTGTATCTGATgc > 1:98956/1‑150 (MQ=255) ggtaaaaCTGGATAAACAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAGTTCGCTGTATCTGATgcg > 2:21274/4‑150 (MQ=255) ggtaaaaCTGGATAAACAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAGTTCGCTGTATCTGATgcg > 2:71268/4‑150 (MQ=255) aCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAGTTCGCTGTATCTGATGCGCAGCGa < 1:51011/150‑1 (MQ=255) tttATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTATAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAGTTCGCTGTATCTGATGCGCAGCGAATTg < 1:999906/150‑1 (MQ=255) tttATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAGTTCGCTGTATCTGATGCGCAGCGAATTg < 1:331372/150‑1 (MQ=255) ttATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAGTTCGCTGTATCTGATGCGCAGCGAATTGc < 1:1193646/150‑1 (MQ=255) aTCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAGTTCGCTGTATCTGATGCGCAGCGAATTGCGt > 2:1464355/1‑150 (MQ=255) | CTGGATCGTAGCGTGGACGTGGCTATTTCGCGGTTAAGAAAAAAACTGCTCGATAACGCCGCAGAACCTTATCGCATTAAAACTGTGCGTAACAAAGGCTATCTTTTTGCGCCTCATGCATGGGAATAAGCGATGAAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAGTTCGCTGTATCTGATGCGCAGCGAATTGCGT > NC_000913/1682750‑1683046 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |