| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,906,229 | T→G | 6.2% | I181S (ATC→AGC) ‡ | mntP → | putative Mn(2+) efflux pump, mntR‑regulated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 1,906,229 | 0 | T | G | 6.2% | 327.2 / 9.2 | 108 | I181S (ATC→AGC) ‡ | mntP | putative Mn(2+) efflux pump, mntR‑regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (59/42); new base G (2/5); total (61/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.10e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
ACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGCAATAATGC > NC_000913/1906082‑1906376 | aCATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATcc > 1:709486/1‑150 (MQ=255) cATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCct > 1:1409430/1‑150 (MQ=255) aTTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTTATCGGCATCGGCGTCCAGATCctc > 2:692592/1‑150 (MQ=255) 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tCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGCCTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGCaata > 2:1157924/1‑150 (MQ=255) aGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGCAATAATg < 2:607386/150‑1 (MQ=255) | ACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGTCGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGCAATAATGC > NC_000913/1906082‑1906376 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |