| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,009,731 | A→G | 11.5% | intergenic (+19/‑90) | yedF → / → yedK | putative TusA family sulfurtransferase/DUF159 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,009,731 | 0 | A | G | 11.5% | 230.4 / 21.4 | 96 | intergenic (+19/‑90) | yedF/yedK | putative TusA family sulfurtransferase/DUF159 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/42); new base G (2/9); total (45/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.80e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.96e-01 | |||||||||||
TCCTGGAAGTGGTGAGCGACTGTCCGCAGTCGATCAATAATATTCCACTGGATGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATCCCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCTATGTGTGGACGCTTTGCCCAATCCCAAACGCGTGAAGATTACCTTGCGCTTCTCGCGG > NC_000913/2009585‑2009878 | tCCTGGAAGTGGTGAGCGACTGTCCGCAGTCGATCAATAATATTCCACTGGATGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATCCCTCATTCCCGCTGTGAccc < 1:684052/150‑1 (MQ=255) gAAGTGGTGAGCGACTGTCCGCAGTCGATCTATAATATTCCACTGGATGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCATGAGGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATCCCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGc > 1:273880/1‑150 (MQ=255) atgttgtgAGCGACTGTCCGCAGTCGATCAATAATATTCCACTGGATGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTTGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATCCCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCg < 1:1338829/145‑1 (MQ=255) 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tCCCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCATTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCTATGTGTGGACGCTTTGCCCAATCCCAAACGCGTGAAGATTAc > 2:1329735/1‑150 (MQ=255) cTCATTCCCGCTGTGACCCCCAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATGCCAGAGATTTTTCCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTTTGAGCTCAGGAGGGTTCGATGTGTGGACGCTTTGCCCAATCGCAAACGCGTGAAGCTTACCtt > 1:881838/1‑150 (MQ=255) tCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCTATGTGTGGACGCTTTGCCCAATCCCAAACGCGTGAAGATTACCTTg < 2:383200/150‑1 (MQ=255) ttCCCGCTGTGGGTCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCCCTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCTATGTGTGGACGCTTTGCCCAATCCCAAACGCGTGAAGATTACCTTgcgc > 1:860147/1‑150 (MQ=255) tCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCTATGTGTGGACGCTTTGCCCAATCCCAAACGCGTGAAGATTACCTTGCGCt > 2:1128914/1‑150 (MQ=255) 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cTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCTATGTGTGGACGCTTTGCCCAATCCCAAACGCGTGAAGATTACCTTGCGCTTCTcg > 2:1111375/1‑150 (MQ=255) cTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCTATGTGTGGACGCTTTGCCCAATCCCAAACGCGTGAAGATTACCTTGCGCTTCTcg > 2:1117192/1‑150 (MQ=255) tgACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCTATGTGTGGACGCTTTGCCCAATCCCAAACGCGTGAAGATTACCTTGCGCTTCTCGCgg < 1:973670/150‑1 (MQ=255) | TCCTGGAAGTGGTGAGCGACTGTCCGCAGTCGATCAATAATATTCCACTGGATGCGCGTAATCACGGCTATACGGTGCTGGATATTCAGCAAGACGGGCCGACCATTCGTTATTTAATTCAGAAGTAATCCCTCATTCCCGCTGTGACCCACAGCGGGAACATCGTTACCTTTGTATCACATAGATTTTACCCGCCCCCACTCCTATTCTTTTCAGTATGATCTCAGGAGGTTTCTATGTGTGGACGCTTTGCCCAATCCCAAACGCGTGAAGATTACCTTGCGCTTCTCGCGG > NC_000913/2009585‑2009878 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |