| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,060,265 | A→C | 7.0% | L217R (CTG→CGG) | cbl ← | ssuEADCB/tauABCD operon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,060,265 | 0 | A | C | 7.0% | 273.9 / 9.6 | 97 | L217R (CTG→CGG) | cbl | ssuEADCB/tauABCD operon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/39); new base C (2/5); total (53/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.22e-01 | |||||||||||
ATCAAAAAGATGCCGCGTATCCAGGCGGATTAAATTCTCTTCCTCTTGTTCGCCACTGGATTGCTCGGCAACTAATCCGATCCCAAGCCCAAGAGCAACATAGGTTTTAATGACATCAGAATCCTGCGCACTTAATACAATATCTGCCAGCAAACCTTTGCGGGCAAATGCGTCATCAATACGTGAGCGCCCCGTAATCCCCTGTCGGTAAGTGATTAACGGCCACTTCGCTATTGATTCCAGCGTCAATGGTGAAATTTGCGTCAAGGGATGATCGTGTGGAACAAGCAAACTATGG > NC_000913/2060117‑2060414 | aTCAAAAAGATGCCGCGTATCCAGGCGGATTAAATTCTCTTCCTCTTGTTCGCCACTGGATTGCTCGGCAACTAATCCGATCCCAAGCCCAAGAGCAACATAGGTTTTAATGACATCCGAATCCTGCGCACTTAATACAATATCTGCCAg < 1:1663864/150‑1 (MQ=255)aTCAAAAAGATGCCGCGTATCCAGGCGGATTAAATTCTCTTCCTCTTGTTCGCCACTGGATTGCTCGGCAACTAATCCGATCCCAAGCCCAAGAGCAACATAGGTTTTAATGACATCAGAATCCTGCGCACTTAATACAATATCTGCCAg > 2:597905/1‑150 (MQ=255)aTCAAAAAGATGCCGCGTATCAAGGCGGATTAAATTCTCTTCCTCTTGTTCGCCACTGGATTGCTCGGCAACTAATCCGATCGCAAGCCCAAGCGCAACCTAGGTTTTAATGACATCAGAATCCTGCGCACTTAAGTCAATATCTGGCAg > 1:75068/1‑150 (MQ=255) tCAAAAAGATGCCGCGTATCCAGGCGGATTAAATTCTCTTCCTCTTGTTCGCCACTGGATTGCTCGGCAACTAATCCGATCCCAAGCCCAAGAGCAACATAGGTTTTAATGACATCAGAATCCTGCGCACTTAATACAATATCTGCCAGc < 1:746265/150‑1 (MQ=255) cAAAAAGATGCCGCGTATCCAGGCGGATTAAATTCTCTTCCTCTTGTTCGCCACTGGATTGCTCGGCAACTACTCCGATCCCACGCCCAAGAGCAACATAGCTTTTAATGACATCAGAATCCTGCGCACGTACTACAATATCTGCCAGCa > 1:263988/1‑150 (MQ=255) aaaaaGATGCCGCGTATCCAGGCGGATTAAATTCTCTTCCTCTTGTTCGCCACTGGATTGCTCGGCAACTAATCCGATCCCAAGCCCAAGAGCAACATAGGTTTTAATGACATCAGAATCCTGCGCACTTAATACAATATCTGCCAGCaa > 1:630422/1‑150 (MQ=255) aaGATGCCGCGTATCCAGGCGGATTAAATTCTCTTCCTCTTGTTCGCCACTGGATTGCTCGGCAACTAATCCGATCCCAAGCCCAAGAGCAACATAGGTTTTAATGCCATCAGAATCCTGCGCACTTAATACAATATCTGCCAGCAAAcc > 2:593240/1‑150 (MQ=255) gATGCCGCGTATCCAGGCGGATTAAATTCTCTTCCTCTTGTTCGCCACTGGATTGCTCGGCAACTAATCCGATCCCAAGCCCAAGAGCAACATAGGTTTTAATGACATCAGAATCCTGCGCACTTAATACAATATCTGCCAGCAAACCtt > 1:1504634/1‑150 (MQ=255) 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tATCCAGGCGGATTAAATTCTCTTCCTCTTGTACGCCACTGGATTGCTCGGAAACTAATCCGATCCCAAGCCCAAGAGCAACATAGGTTTTAATGACATCAGAATCCTCCGCACTTAATACAATATCTGCCCGCAAAGGTTTGCTGGCag < 2:1696699/150‑2 (MQ=255) aTCCAGGCGGATTAAATTCTCTTCCTCTTGTTCGACACTGGATTGCTCGGCAACTAATCCGATCCCAAGCCCAAGAGCAACATAGGTTTTAATGACATCAGAATCCAGCGCACTTAATACATTATCTGCCAGCAAACCTTTGCGGGCaaa > 2:793618/1‑150 (MQ=255) cAGGCGGATTAAATTCTCTTCCTCTTGTTCGCCACTGGATTGCTCGGCAACTAATCCGATCCCAAGCCCAAGAGCAACATAGGTTTTAATGACATCAGAATCCTGCGCACTTAATACAATATCTGCCAGCAAACCTTTGCGGGCAAATGc > 2:1093555/1‑150 (MQ=255) aGGCGGATTAAATTCTCTTCCTCTTGTTCGCCACTGGATTGCTCGGCAACTAATCCGATCCCAAGCCCAAGAGCAACATAGGTTTTAATGACATCAGAATCCTGCGCACTTAATACAATATCTGCCAGCAAACCTTTGCGGGCAAATGCg < 2:1663763/150‑1 (MQ=255) aGGCGGATTAAATTCTCTTCCTCTTGTTCGCCACTGGAGTGCTCGGCAACTAATCCGATCCCAAGCCCAAGAGCAACATAGGTTTTAATGACATCAGAATCCTGCGCACTTAATACAATATCTGCCAGCAAACCTTTGCGGGCAAATGCg < 1:1443014/150‑1 (MQ=255) 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cAATATCTGCCAGCAAACCTTTGCGGGCAAATGCGTCATCAATACGTGAGCGCCCCGTAATCCCCTGTCGGTAAGTGATTAACGGCCACTTCGCTATTGATTCCAGCGTCAATGGTGAAATTTGCGTCAAGGGATGATCGTGTGGAACaa < 1:801058/150‑1 (MQ=255) cgcatttGCCCGCAAAGGTTTGCTGGCAAATGCGTCATCAATACGTGAGCGCCCCGTAATCCCCTGTCGGTAAGTGATTAACGGCCACTTCGCTATTGATTCCAGCGTCAATGGTGAAATTTGCGTCAAGGGATGATCGTGTGGAACAAg > 1:1714677/7‑150 (MQ=255) aaTATCTGCCAGCAAACCTTTGCGGGCAAATGCGTCATCAATACGTGAGCGCCCCGTAATCCCCTGTCGGTAAGTGATTAACGGCCACTTCGCTATTGATTCCAGCGTCAATGGTGAAATTTGCGTCAAGGGATGATCGTGTGGACCAAg > 2:1171733/1‑150 (MQ=255) atatCTGCCAGCAAACCTTTGCGGGCAAATGCGTCATCAATACGTGAGCGCCCCGTAATCCCCTGTCGGTAAGTGATTAACGGCCACTTCGCTATTGATTCCAGCGTCAATGGTGAAATTTGCGTCAAGGGATGATCGTGTGGAACAAGc > 2:961259/1‑150 (MQ=255) atttGCCCGCAAAGGTTTGCTGGCAAATGCGTCATCAATACGTGAGCGCCCCGT‑ATCCCCTGTCGGTAAGTGATTAACGGCCACTTCGCTATTGATTCCAGCGTCAATGGTGAAATTTGCGTCAAGGGATGATCGTGTGGAACAAGCaaa > 1:561569/4‑150 (MQ=255) 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ATCAAAAAGATGCCGCGTATCCAGGCGGATTAAATTCTCTTCCTCTTGTTCGCCACTGGATTGCTCGGCAACTAATCCGATCCCAAGCCCAAGAGCAACATAGGTTTTAATGACATCAGAATCCTGCGCACTTAATACAATATCTGCCAGCAAACCTTTGCGGGCAAATGCGTCATCAATACGTGAGCGCCCCGTAATCCCCTGTCGGTAAGTGATTAACGGCCACTTCGCTATTGATTCCAGCGTCAATGGTGAAATTTGCGTCAAGGGATGATCGTGTGGAACAAGCAAACTATGG > NC_000913/2060117‑2060414 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |