| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,169,658 | C→A | 6.7% | intergenic (+47/+35) | yegS → / ← gatR | phosphatidylglycerol kinase, metal‑dependent/pseudogene, repressor for gat operon; interrupted by IS3; split galactitol utilization operon repressor, fragment 2; split galactitol utilization operon repressor, interrupted |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,169,658 | 0 | C | A | 6.7% | 302.0 / 5.6 | 105 | intergenic (+47/+35) | yegS/gatR | phosphatidylglycerol kinase, metal‑dependent/pseudogene, repressor for gat operon; interrupted by IS3; split galactitol utilization operon repressor, fragment 2; split galactitol utilization operon repressor, interrupted |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/53); new base A (5/3); total (49/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
ATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAA > NC_000913/2169511‑2169807 | aTCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTATCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCgg < 2:422086/150‑1 (MQ=255) cTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGCATCCGTAATGCCGGATGCGgtg > 1:625955/1‑150 (MQ=255) attGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGTATGCGgtg < 1:1690162/149‑1 (MQ=255) 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gggAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCTGCATACAGTACAATTCTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAAtttttt < 2:929759/150‑1 (MQ=255) ggAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTc < 1:1242518/150‑1 (MQ=255) agaATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGa > 2:1506983/1‑150 (MQ=255) aaTCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATAATACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTATTCTGCAATTCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGAtt < 1:1578076/150‑1 (MQ=255) ccGTAATGCCGGATGCGGTGTAATCCCCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATCCCAGTTTATCCACCTCTCACAAAGCATCATCTGTAATAATAATGTCAATTATTTCGATTGgt > 2:727411/1‑150 (MQ=255) cGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACCGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGgta > 2:465515/1‑150 (MQ=255) agTAATGCCTGATGCTTTTTAAACACCTTATACTTCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCTCGTCTTCTGCAATGCCATTTTATCCAACTCTGACACATCATCATCTGTAATAATAATTTCAATTTTTTCGATTGgta < 2:568690/149‑1 (MQ=255) gTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGgtag < 1:956599/150‑1 (MQ=255) aaTGCCGGATGTGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGgtagta > 2:705677/1‑150 (MQ=255) aTGCCGGATAAGGTGTTTACACCGCATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCCCCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTAc > 2:789330/1‑150 (MQ=255) aTGCCGGATAAGGTGTTTACACCGCATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTAc > 2:1462317/1‑150 (MQ=255) aTGCCGGATAAGGTGTTTACACCGCATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTAc > 2:331456/1‑150 (MQ=255) tGCCGGATAAGGTGTTTACACCGCATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTAcc > 1:206594/1‑150 (MQ=255) ggATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGAt > 2:1586978/1‑150 (MQ=255) ctaagCGGTGTAAATAGATTATCCGGGATAAAGATCAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATTCCAGTTTATCCACCTCTGAGAATGCATCATCGGTAATAATATTGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGAt < 2:115658/146‑1 (MQ=255) gATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGAtt > 2:768009/1‑150 (MQ=255) cGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTaaaa > 1:566211/1‑150 (MQ=255) | ATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAA > NC_000913/2169511‑2169807 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |