| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,169,672 | T→C | 5.8% | intergenic (+61/+21) | yegS → / ← gatR | phosphatidylglycerol kinase, metal‑dependent/pseudogene, repressor for gat operon; interrupted by IS3; split galactitol utilization operon repressor, fragment 2; split galactitol utilization operon repressor, interrupted |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,169,672 | 0 | T | C | 5.8% | 304.3 / 7.3 | 104 | intergenic (+61/+21) | yegS/gatR | phosphatidylglycerol kinase, metal‑dependent/pseudogene, repressor for gat operon; interrupted by IS3; split galactitol utilization operon repressor, fragment 2; split galactitol utilization operon repressor, interrupted |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/50); new base C (4/2); total (52/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
CGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAA > NC_000913/2169526‑2169821 | cGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATc > 1:125548/1‑150 (MQ=255)cGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCAGTGTAAACACCTTATc < 2:1105772/150‑1 (MQ=255) tattGGTCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCTGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATTATTTGTAAACACCTTATCCGGc < 1:1444662/147‑1 (MQ=255) 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ggATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGAt > 2:1586978/1‑150 (MQ=255) ctaagCGGTGTAAATAGATTATCCGGGATAAAGATCAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATTCCAGTTTATCCACCTCTGAGAATGCATCATCGGTAATAATATTGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGAt < 2:115658/146‑1 (MQ=255) gATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGAtt > 2:768009/1‑150 (MQ=255) cGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTaaaa > 1:566211/1‑150 (MQ=255) gtgtAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAAcc > 1:506184/1‑150 (MQ=255) 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tATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTaaa > 2:901844/1‑150 (MQ=255) tATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCAGCGTCTTCTGAAATGACAGTTTATACAACTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTATATTGGTAGTACCTGAATAAAACAGCGACGGTTaaa > 1:1716494/1‑150 (MQ=255) | CGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGACACAGCATCATCGGTAATAATAATGTCAATTTTTTCGATTGGTAGTACCTGATTAAAACCGCGACGGTTAAA > NC_000913/2169526‑2169821 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |