| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,290,448 | A→G | 8.3% | intergenic (‑268/‑52) | yejO ← / → narP | pseudogene, autotransporter outer membrane homology;putative transport; Not classified; putative ATP‑binding component of a transport system/response regulator in two‑component regulatory system with NarQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,290,448 | 0 | A | G | 8.3% | 369.0 / 19.1 | 132 | intergenic (‑268/‑52) | yejO/narP | pseudogene, autotransporter outer membrane homology;putative transport; Not classified; putative ATP‑binding component of a transport system/response regulator in two‑component regulatory system with NarQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (65/56); new base G (5/6); total (70/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
TTGATTTTTTAGTTGTTTTTCTTGATGAGAAGCTGATGCAAAATTCCGTCTTTATAATGAAAATGATGCCAAAGCGAACGACAAGGTTGTAGTTTTCACTACATGTCCATACATAAAATGGGGTAACATTCACGCGCCTGGTAGCGTTACCAACGCTACGCTCAAACATAATGATTCTAATAAAACCTCAGGAGACTACTATGCCTGAAGCAACACCTTTTCAGGTGATGATTGTGGATGATCATCCACTTATGCGACGCGGTGTTCGTCAGTTACTGGAGCTTGATCCTGGCTCTG > NC_000913/2290300‑2290596 | ttgattTTTTAGTTGTTTTTCTTGATGAGAAGCTGATGCAAAATTCCGTCTTTATAATGAAAATGATGCCAAAGCGAACGACAAGGTTGTAGTTTTCACTACATGTCCATACATAAAATGGGGTAACATTCACGCGCCTGGTAGCGTTAc > 1:449183/1‑150 (MQ=255) tgattTTTTAGTTGTTTTTCTTGATGAGAAGCTGATGCAAAATTCCGTCTTTATAATGAAAATGATGCCAAAGCGAACGACAAGGTTGTAGTTTTCACTACATGTCCATACATAAAATGGGGTAACATTCACGCGCCTGGTAGCGTTAcc < 2:1470164/150‑1 (MQ=255) ttttAGTTGTTTTTCTTGATGAGAAGCTGATGCAAAATTCCGTCTTTATAATGAAAATGATGCCAAAGCGAACGACAAGGTTGTAGTTTTCACTACATGTCCATACATAAAATGGGGTAACATTCACGCGCCTGGTAGCGTTACCAacgc > 1:1212184/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |