| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,411,410 | G→T | 8.2% | intergenic (‑58/+29) | yfbS ← / ← yfbT | putative transporter/sugar phosphatas |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,411,410 | 0 | G | T | 8.2% | 352.1 / 15.1 | 119 | intergenic (‑58/+29) | yfbS/yfbT | putative transporter/sugar phosphatas |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (54/54); new base T (7/3); total (62/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GCGACCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTAACCGCAA > NC_000913/2411264‑2411554 | gCGACCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCAATAAAAAAGCCCCGACgaga > 2:809976/1‑150 (MQ=255) gACCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACg > 1:439183/1‑150 (MQ=255) cGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAAGTCACCGTTCACACCTTATCCTGGTTAATTGAGGGGGATGACTTGCTTCTGCCATAAAAAAGCCCCGCCGAGACgggg > 1:1206906/1‑150 (MQ=255) 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tAAAAAAGCCCCGCCGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCg > 2:1072523/1‑150 (MQ=255) aaaaaGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGtt > 1:83278/1‑150 (MQ=255) aaaaGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTa > 2:659000/1‑150 (MQ=255) aaaaGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTa < 2:1322876/150‑1 (MQ=255) aaGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTAAc < 2:1095336/150‑1 (MQ=255) 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ccccGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTAACCGc > 1:1609931/1‑150 (MQ=255) ccGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTAACCGCaa > 2:1269505/1‑150 (MQ=255) | GCGACCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTAACCGCAA > NC_000913/2411264‑2411554 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |