| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,502,665 | C→G | 5.5% | W607C (TGG→TGC) | fryA ← | putative PTS enzyme: Hpr, enzyme I and IIA components |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,502,665 | 0 | C | G | 5.5% | 332.4 / 7.0 | 104 | W607C (TGG→TGC) | fryA | putative PTS enzyme: Hpr, enzyme I and IIA components |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/47); new base G (4/2); total (55/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
AGTTCCCGACACGCCTCGCTATCCAGTTGACGAAGCTGGCTTTTCACCGCCGGAATACGCGGGCTACTCATACTCAGCTCATCCAGGCCCAGCCCAAGCAGTAGCGGCAGATAACGGCTTTCACCGCCCAGTTCACCGCAAATGCCTACCCATTTGCCCCGCTGATGCGCAGTGGTAACTATTTGCTGCAACATGCGCAGGAACGATGGCGTAATCGGGTTATATAGCGGCGATACGCGCGGGTTATTACGATCGACCGCATACAGATACTGGGTCATATCGTTGGAGCCGATACT > NC_000913/2502516‑2502811 | aGTTCCCGACACGCCTCGCTATCCAGTTGACGAAGCTGGCTTTTCACCGCCGGAATACGCGGGCTACTCATACTCAGCTCATCCAGGCCCAGCCCAAGCAGTAGCGGCAGATAACGGCTTTCACCGCCCAGTTCACCGCAAATGCCTAcc > 1:333300/1‑150 (MQ=255)aGTTCCCGACACGCCTCGCTATCCAGTTGACGAAGCTGGCTTTTCACCGCCGGAATACGCGGGCTACTCATACTCAGCTCATCCAGGCCCAGCCCAAGCAGTAGCGGCAGATAACGGCTTTCACCGCCCAGTTCACCGCAAATGCCTAcc > 2:1116817/1‑150 (MQ=255)aGTTCCCGACACGCCTCGCTATCCAGTTGACGAAGCTGGCTTTTCACCGCCGGAATACGCGGGCTACTCATACTCAGCTCATCCAGGCCCAGCCCAAGCAGTAGCGGCAGATAACGGCTTTCACCGCCCAGTTCACCGCAAATGCCTAcc > 1:1450600/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |