| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 238,523 | G→T | 7.0% | L72I (CTT→ATT) | ykfM ← | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 238,523 | 0 | G | T | 7.0% | 1331.0 / 13.9 | 457 | L72I (CTT→ATT) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (240/167); new base T (8/42); total (248/209) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.52e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 486 total aligned reads displayed.
AGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAG > NC_000913/238374‑238672 | aGTATTGACATTTCCTGTGACTATAGGAGCTATTATTGTTGCTATTACTATAGCTATTAGTATAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACATTCGTTTTTTTGATTAAGTATGATTTTATTATCgtaag < 1:329152/150‑1 (MQ=255) ttGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTaaa > 2:4322127/1‑150 (MQ=255) ttGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTaaa > 1:5706077/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |