Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 238,535 | G→T | 6.3% | H68N (CAT→AAT) | ykfM ← | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 238,535 | 0 | G | T | 6.3% | 1354.2 / 3.1 | 479 | H68N (CAT→AAT) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (255/165); new base T (6/51); total (261/218) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.43e-13 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 491 total aligned reads displayed.
TCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCG‑TTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATA > NC_000913/238386‑238684 | aCAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCG‑TTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATAttt > 2:8977767/1‑150 (MQ=255) cAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCG‑TTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTa < 2:3977423/150‑1 (MQ=255) cAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCG‑TTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTa < 1:4419833/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |