| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 708,020 | C→A | 8.6% | intergenic (+263/‑314) | glnS → / → chiP | glutamyl‑tRNA synthetase/chitoporin, uptake of chitosugars |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 708,020 | 0 | C | A | 8.6% | 2126.4 / 23.5 | 674 | intergenic (+263/‑314) | glnS/chiP | glutamyl‑tRNA synthetase/chitoporin, uptake of chitosugars |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (250/331); new base A (88/3); total (340/334) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.51e-25 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 691 total aligned reads displayed.
CTCTGCAATATATTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCAAAATATGTGCGGTTGCT > NC_000913/707871‑708169 | ctctGCAATATATTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTATTCTTTTATTAGCGAATTAATTACGCTTCGCAATTTATc > 1:2415391/1‑150 (MQ=37) tctGCAATATATTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATcc > 2:6782928/1‑150 (MQ=255) cAATATATTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAATGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCataa > 2:5473774/1‑150 (MQ=255) catatatGGAGTTGGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACCCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGGTCTGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCataaa < 1:5670424/149‑1 (MQ=38) atatatTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTAGCGAAATAATTCCGCTTAGCAATTTATCCataaaa > 2:9590413/1‑150 (MQ=255) atatatTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGAAAACAATCCAAAACGCAGCGTTCAGCGGCGTGTGTTGTGGTTTTGTTGGGGAATTAATTACGGTTCGGAATTTTTCCaaaaaa > 1:783531/1‑150 (MQ=21) tatTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTATTAGCGAAATAATTACGCTTCGCAATTTATACaaaaaataa > 1:2789164/1‑150 (MQ=38) tttGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGAAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCataaaataaa < 1:7100827/149‑1 (MQ=255) ttGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCATAaaataaat < 1:1250481/150‑1 (MQ=255) ttGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCATAaaataaat < 1:9816413/150‑1 (MQ=255) ttGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATACATAaaataaat > 2:1583116/1‑150 (MQ=255) ttGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAAATCCGCTTCGCAATTTATCCAAAaaataaat > 1:10924642/1‑150 (MQ=255) ttGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTATTAGCGAATTAATTACCCTTCGCAATTTATACATAaaataaat > 1:3939917/1‑150 (MQ=38) 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cGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATaa < 2:2602362/150‑1 (MQ=255) cGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCGTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAAATTATCCATAAAAAAAATTTAAAATaa > 2:1943134/1‑150 (MQ=255) cGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTGTTTTCTGCTTTTATTCGCGAATTAATTGCGCTTCGCAAATTATCCATAAAATAAATTTAAAATaa > 1:2924555/1‑150 (MQ=255) gTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATAAc < 1:437289/150‑1 (MQ=255) tGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAAATTAAAATAACa > 2:7559466/1‑150 (MQ=255) gCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATAaaaa > 1:854842/1‑150 (MQ=255) ttttGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTGTTTTATGCTTTTAGTCGCGCAATAAATCCGCATCGCAAATTATACAAAAAAAAAAAATAAAATAaaaaaa > 2:4893093/1‑150 (MQ=25) tgCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTAACCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATaaat > 2:4154579/2‑148 (MQ=255) gCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTGTTTTTTGGTTTTGTTCGCGAATTTATTGAGCATCGCAATTTATACAAAAAAAAAATTTAAAATAACAAAAAAAAATta > 1:4874525/1‑150 (MQ=255) ccGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTGTTGGCGAAATAATTAAGCTTCGCAAATTTTAAATAAAAAAAAATTAAAATAAAAAAAAATAATtaa > 1:6518348/1‑150 (MQ=255) ccGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATAAAAAAAAATAATtaa > 1:1552235/1‑150 (MQ=255) cGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATtaaa < 1:2308336/150‑1 (MQ=255) gATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATtaaata > 2:1806405/1‑150 (MQ=255) tAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATtaaataaa < 2:8412142/150‑1 (MQ=255) gcggCGTGAACGCCTTATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTGTTCTTTTGTTAGCGAAATAATTCAGCTTCGCAAGTTATACAAAAAAAAAATTTAAAAAAACAAAAAAAAAtaaaataaaa > 1:4779260/3‑150 (MQ=255) 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aattCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAatca < 2:7027368/150‑1 (MQ=255) attCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAatcat < 2:4711884/150‑1 (MQ=255) attCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAatcat < 2:5780759/150‑1 (MQ=255) tCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAAtcatca > 2:9888277/1‑150 (MQ=255) ccGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCaa > 1:8403583/1‑150 (MQ=255) 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aaTTTATCCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCAAAATATGTGc < 2:10273653/150‑1 (MQ=255) tCCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTACATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCAAAATATGTGCGGTTGc < 2:6632675/150‑1 (MQ=255) | CTCTGCAATATATTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCGAATTAATTCCGCTTCGCAATTTATCCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCAAAATATGTGCGGTTGCT > NC_000913/707871‑708169 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |