| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,720,367 | A→C | 7.4% | intergenic (+24/+23) | slyB → / ← slyA | outer membrane lipoprotein/global transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,720,367 | 0 | A | C | 7.4% | 1404.9 / 49.4 | 480 | intergenic (+24/+23) | slyB/slyA | outer membrane lipoprotein/global transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (276/161); new base C (5/38); total (281/199) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.58e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 487 total aligned reads displayed.
GAAATTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTTAATAACAGCTTCC > NC_000913/1720218‑1720516 | gAAATTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTa < 2:7770193/150‑1 (MQ=255) aaaTTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTAc < 1:7760132/150‑1 (MQ=255) aaTTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACt > 1:2997418/1‑150 (MQ=255) aTTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTg < 2:4346021/150‑1 (MQ=255) ttCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGa > 1:10733758/1‑150 (MQ=255) ttCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGa < 2:6011703/150‑1 (MQ=255) ttCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGa > 1:2046818/1‑150 (MQ=255) tCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGAc > 2:242081/1‑150 (MQ=255) tCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGAc > 2:4760964/1‑150 (MQ=255) gTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACca > 2:7554743/1‑150 (MQ=255) tAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACcac > 1:4764122/1‑150 (MQ=255) tAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACcac > 2:4572466/1‑150 (MQ=255) taaGACGATGGTACTACCATCATGGTGTGACAGAATCAAGTCAAAACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTTGCCAGAAATTGCAGTCATGTGACCGTTTCTCCGCTCTAAATAAGTTTTCTTGTTGTAAGTAACCTGACcaca < 2:7008258/149‑1 (MQ=255) aaaGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACcaca > 2:9558230/1‑150 (MQ=255) aaaGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACcaca < 2:8079039/150‑1 (MQ=255) aaGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGTAACCTGACCacac < 2:4875831/150‑1 (MQ=255) aaGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGTAACCTGACCacac < 2:10286175/150‑1 (MQ=255) gACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGc > 2:7423211/1‑150 (MQ=255) 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tatataaaCAAGCCAACACTCTTTTCTCTCCGGGCAAACGTGTCTTACTGGCCAGCAAGGGCAGTCTGGTGACGGTTTCTCCGCGATAAATAAGTTTGCGTGTGGTCTGGTTACTCACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTg < 2:3482793/145‑1 (MQ=255) tACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTg > 1:5913701/1‑150 (MQ=255) tACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTg > 2:3919027/1‑150 (MQ=255) tACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTg > 1:9767145/1‑150 (MQ=255) ataaaCAAGCCAACACTCTTTTCTCGCGGGGCCAAGGTTTCTTACGGCCCAGATTTGGCTTTCTGGTGCCGTTTTCTCCGCTATAAATATTTTTGGTTGTGTTCTTTTTACTCACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTaa < 2:6518268/148‑1 (MQ=255) 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tGCGTGTGGTCAGGTTACGGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGtttt < 2:7191057/150‑1 (MQ=255) ggtgtGGTCTGGTTCCTGACCACACGCCCCCTTCAGTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGt < 1:555694/149‑1 (MQ=255) gtgtGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTCCGGCGATGCCATGGACAATTTACGCGCGGGTTTTGtt > 2:6369401/1‑150 (MQ=255) ttgttCAGTTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTtaa < 2:2048308/146‑1 (MQ=255) ggTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTtaata > 1:6677583/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |