Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,725,832 | 0 | G | T | 6.7% | 1817.9 / 20.8 | 539 | intergenic (‑86/+237) | kgtP/rrfG | alpha‑ketoglutarate transporter/5S ribosomal RNA of rrnG operon |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (173/314); new base T (49/3); total (222/317) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.52e-17 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 577 total aligned reads displayed.
AAATGCGGCGACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTA‑TTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTAACCATGAATTTAGTTAGCAGGAAAATGGTTATTGAGGAGCTTAAGGATAAATTTCTGGTAAGGAGGACACGTATGGAAGTGGGCAAGTTGGGGAAGCCGTATCCGTTGCTGAATCTGGCATATGTGGGA > NC_000913/2725683‑2725981 | caaTGCGGCGACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTA‑TTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATttgttg < 1:8941524/149‑1 (MQ=255) gcgACGAGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTA‑TTTTTTTTGTAAAGGTAATATTATACATTTTTTGAATATCa > 1:7552873/1‑150 (MQ=255) gacgaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTA‑TTTTTTTTGGAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCAtt > 2:6017971/1‑150 (MQ=255) gaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTT‑TTTTTTTTGTTAATGTAATATTATTAATTTTTTTCATATGATTAtt > 2:3835188/1‑149 (MQ=255) gaGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTA‑TTTTCTTTGTAAAGGAAATATTATAAATTTGTTTCATATAATTATg > 1:441605/1‑150 (MQ=255) aGTATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTCTGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTA‑TTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGc < 2:10170048/150‑1 (MQ=255) tATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTA‑TTTTTTTTTTAAATGTAATATTATACATTTTTTTCATATAATTATTCaa > 1:10524861/1‑150 (MQ=255) tATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTA‑TTTTTTTTTTAAAGGAAATATTATACAATTTTTGCATATCAATATGCaa > 2:7476454/1‑150 (MQ=255) tATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTA‑TTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCaa > 2:4650331/1‑150 (MQ=255) tATCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTA‑TTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCaa < 2:5540642/150‑1 (MQ=255) aTCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTA‑TTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAAc < 1:9531039/150‑1 (MQ=255) aTCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTA‑TTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAAc < 1:4633889/150‑1 (MQ=255) aTCACTACTTGTCAGTGTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTA‑TTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAAc < 1:9886433/150‑1 (MQ=255) tCACTACTTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTA‑TTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAAcc > 2:8243804/1‑150 (MQ=255) actactTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCGTTTGTTTA‑TTTTTTTTTTTAATGAAATATTATAAATTTTTTGAATATAAATATTCAAACtt > 1:1100594/1‑150 (MQ=255) ctactTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCCTGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTATTTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATAATGATATGCAAcaaa < 1:9629582/150‑4 (MQ=255) tactTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTA‑TTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTaa < 2:6388035/150‑1 (MQ=255) tactTGTCAGTTTGCTGTCTGCCGTTACAGTACTTTCAGCCATGCCATTATGTCTCCTGCCGTAATCCGATGCTTTTGTCGGTCGCTTTTGTTTA‑TTTTTTTTGTAAAGGAAATATTATACATTTGTTGCATATCATTATGCAACCTTaa < 2:6217374/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |