Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,720,367 | A→C | 5.6% | intergenic (+24/+23) | slyB → / ← slyA | outer membrane lipoprotein/global transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,720,367 | 0 | A | C | 5.6% | 535.7 / 4.3 | 183 | intergenic (+24/+23) | slyB/slyA | outer membrane lipoprotein/global transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (94/74); new base C (2/13); total (96/87) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.03e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
GAAATTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTTAATAACAGCTTCC > NC_000913/1720218‑1720516 | aaTTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACt < 1:3339053/150‑1 (MQ=255) aaTTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACt < 1:826284/150‑1 (MQ=255) ttCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGa < 2:2223816/150‑1 (MQ=255) tCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGAc < 1:316140/150‑1 (MQ=255) gTAAAGACTATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACca < 1:978315/150‑1 (MQ=255) gTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACca < 2:1257705/150‑1 (MQ=255) aaaGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCNCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACcaca < 2:2609146/150‑1 (MQ=255) aaGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGTAACCTGACCacac < 2:3126485/150‑1 (MQ=255) aaGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACCacac < 2:500787/150‑1 (MQ=255) aaGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACCacac < 2:500793/150‑1 (MQ=255) gACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACCACACGc > 1:2301034/1‑150 (MQ=255) gACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACCACACGc > 1:72645/1‑150 (MQ=255) ctttgttAATACAATTTTGGTGTTACAGAAACATGGCAACACGGTTTTCTCTCGGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCATTGGCTTTCTGGTGACGTTTTCTCCGCGATAAATATTTTTGGGTGT‑GGTCTGTTTACTCACCACACGccc < 2:604988/144‑1 (MQ=255) 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cAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTa > 1:4004294/1‑150 (MQ=255) cAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTa > 1:250628/1‑150 (MQ=255) aGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTaa > 1:2161194/1‑150 (MQ=255) aaaCAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACt > 1:911566/1‑150 (MQ=255) cAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCaa > 1:1277034/1‑150 (MQ=255) gCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGat > 1:743649/1‑150 (MQ=255) cAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGa > 2:3988739/1‑104 (MQ=255) caggggTTTCTCTCGGGGCCAACGTGTCTTAGTGGCAAGCTTTGGCTGTCTGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAATTATGTTTGCTTGT‑TTTCTTGTTCCGGACCCCACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGAtatta < 2:802748/145‑1 (MQ=255) acTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTCACTCAATGAtattat > 2:3323062/1‑150 (MQ=255) acTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAAGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTAATGACCACACGCCCCCATCATTTCACCCATTGGCCTGTAACAAAATGAtaatat > 1:390037/1‑150 (MQ=255) tCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGc > 1:2220153/1‑150 (MQ=255) gTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGCCCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTc > 2:2059663/1‑150 (MQ=255) gTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTc > 1:3058166/1‑150 (MQ=255) ttCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCaa > 1:341863/1‑150 (MQ=255) ttCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCaa > 1:341816/1‑150 (MQ=255) tcCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGtttt > 2:810073/1‑150 (MQ=255) tcCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGtttt > 2:2341348/1‑150 (MQ=255) cggggCCAAGGTGTCGTAGTGGCCAGCATTGGATGTCTGGTGACCGTTTCTCCGCGATAAATACGTTTGGGTGT‑GGTCTGTTTACTCACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTg < 2:87552/148‑1 (MQ=255) cGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGc > 2:4099857/1‑150 (MQ=255) cGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGc > 1:3979164/1‑150 (MQ=255) cGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAATGGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGT‑GGTCAGGTTACTGACAACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGATCAAGTTTTGc > 2:4100109/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |