| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,959,457 | T→G | 7.0% | intergenic (+12/+75) | ilvC → / ← ppiC | ketol‑acid reductoisomerase, NAD(P)‑binding/peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C (rotamase C) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,959,457 | 0 | T | G | 7.0% | 716.1 / 5.4 | 247 | intergenic (+12/+75) | ilvC/ppiC | ketol‑acid reductoisomerase, NAD(P)‑binding/peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C (rotamase C) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (75/149); new base G (20/3); total (95/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.29e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
GCTATTCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGG > NC_000913/3959308‑3959606 | gCTATTCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGAt < 2:3560786/150‑1 (MQ=255) cTATTCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATg < 1:2239980/150‑1 (MQ=255) cTATTCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATg > 1:2216754/1‑150 (MQ=255) cTATTCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATg > 2:3498659/1‑150 (MQ=255) cTATTCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATg > 1:2408410/1‑150 (MQ=255) cTAGTCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCTATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGAtn < 1:2858259/150‑2 (MQ=255) tcttCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGAGGc > 1:2325196/3‑150 (MQ=255) ttCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGAGGccc > 1:2835908/1‑150 (MQ=255) 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gccAGCTATGACCCGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAACCACTCACGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGAtgtg < 1:2124658/148‑1 (MQ=38) gACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCAAAACCCCACACAATCCCACAGGGAGAGGGAGAAAAAACACACAGCCATATCCGGGAGAAGGCCGTGCTATTATTTTCGGTAAACCACCTTAAATAtgtg > 2:3900658/1‑150 (MQ=255) gATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGatat < 2:1049443/150‑1 (MQ=255) atatGAAACGTATTGCTGGTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGAGGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCCCCGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTGCTCCGGGAGAAGGCCTTGCTATTCGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATc < 2:1364404/150‑1 (MQ=255) gTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCACAACCCCACCCACACCCACCGGGAGAGGGAGAAAAAACACAATGCCGTCTCCGGGAGAAGGCCGTGCGATTAGTTGCGGTACAGCACCGTAAATATGTGATATACGAACAggg > 2:3293341/1‑150 (MQ=255) tATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGTGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGgt < 1:3268922/150‑1 (MQ=255) cTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCGCACCCCCACCCACTCCCACAGGGCGGGGGAGAAAACACACAAGGCCATCTCCGGGCGAAGGCCGTGGTATTAGTTTCGGGACAGCACCTTAAATATGTGTTATACGCACTTGGTGTGCa > 2:2867617/1‑150 (MQ=255) tGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAg < 1:1237757/150‑1 (MQ=255) ttGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCGCACCCCCACCCAAACCCACCCGGAGATGGGGCAAACAACAAACGCCATCAACAGGAGAAAGCCCAGCAAATAGTTTCCGGACACCCCCAAAAAGATGTGATATACGAAAAGGGTGTGCAGcc > 2:1837310/1‑149 (MQ=255) ttGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCGAACCCCGACCCAAACCCACAGGGCGAGGGAGAAAAAACACAAGGCCATCTACTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTAAAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCg > 2:440023/1‑150 (MQ=255) tGCGGGTTACGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCgg < 2:3664564/150‑1 (MQ=255) ggTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCACTCCCACAGGGAGTGGGAGAAAACACTCAAGGCCATATCCGGGAGAAGGCCGTGCTAATAGTTGCGGGACAGCCCCTTAATTCTGTGATATACCGACTGGGGGTGCAGCGGGCCg > 2:2361299/1‑150 (MQ=25) ttAAGTGCGCGCTGAGGCCCTCAACCCGTCCCACTCCCACAGGGAGATGGAGAAAACACTCAAGGCCGTCTCCGGGGGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGGCCAGCCCCTTAATGCTGTGATATCCCCACTGGGTGTGGCACGGGCCggg > 2:869072/1‑149 (MQ=255) aGTGCGCGCTGATGCCCTCCCCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGACAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCgg < 1:503710/150‑1 (MQ=255) gTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGc < 1:3167479/150‑1 (MQ=255) gcgcgcTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCCAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTc < 2:1786855/150‑1 (MQ=255) tGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTAc < 2:882452/150‑1 (MQ=255) | GCTATTCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAATGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACCGG > NC_000913/3959308‑3959606 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |