| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,757,947 | 1 | . | T | 6.2% | 314.7 / 15.9 | 81 | intergenic (‑120/+70) | yiaY/selB | L‑threonine dehydrogenase/selenocysteinyl‑tRNA‑specific translation factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (40/36); new base T (2/3); total (42/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.92e-01 | |||||||||||
AAGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAA‑ACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCATTTCCTTATTTTTCCGGAAATAATAATGCGTCGCGCAATAAATGATCATTTCCACGACGACGCGTAAAGCCAATGCGGTCAAA > NC_000913/3757800‑3758094 | aaGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAA‑Ac < 2:983279/150‑1 (MQ=255)aaGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAA‑Ac < 2:328289/150‑1 (MQ=255)aaGGAATAAAGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAA‑Ac < 1:1250870/150‑1 (MQ=255) 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aaaGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCATCTTACTGAGGATTATCATTCGAAAATATGATGATTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGT‑TTAATGAATACAATGTGc < 2:733045/150‑1 (MQ=255) aaaGAACGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAA‑ACAATGTGc < 2:151604/150‑1 (MQ=255) gAACGTTTAATCTGCCATAACACACTACTGAAATTTTAAAAAAGGTCTGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGT‑TTAATGAATACAATGTGCttt < 1:680717/150‑1 (MQ=255) cGTTGAAGCTGCCATAACACCCTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATACATTAA‑ACAATGTGCtttttt > 1:1007060/1‑150 (MQ=255) cGTTGAAGCTGCCATAACACACTCCTGAAAGTGTAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAA‑ACAATGTGCtttttt < 1:754974/150‑1 (MQ=255) 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tAAAAAAGGGCGGGCAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAA‑ACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTAtttt < 2:1083485/150‑1 (MQ=255) aaaaaGGGCGTGCAGCTTAATGATGTTTTTCATTAGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATAAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAT‑ACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTaa < 1:641941/150‑1 (MQ=255) gggcgggcAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAA‑ACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACtt > 1:8834/1‑150 (MQ=255) gggcAGCTTACTGAGGATTTTCATTCGAAAATATGATCAGTATTATTGATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCACATTGTATTCATTAA‑ACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACttaatt < 1:264602/150‑1 (MQ=255) tattACTGATGATTTTCATTCGAAAATATGATGAGTATTATTTATTATCAAAATTAATCTAATAAAAAGCAAATTGTATTCATTAA‑ACAATGTGCTTTTTTTAAATTCATAAGAATTTTGTATTAATTTATTTTAAAACTTAATTAATCa < 1:923304/148‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |