| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3267361 = | 73 (0.960) | 4 (0.060) | 3/258 | NT | 6.0% | intergenic (‑296/‑19) | tdcA/tdcR | tdc operon transcriptional activator/L‑threonine dehydratase operon activator protein |
| ? | NC_000913 | 3267401 = | 57 (0.810) | coding (22/219 nt) | tdcR | L‑threonine dehydratase operon activator protein | |||||
AATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGCATGTCACATTTTTTCACGCTATTTGTTGGAGAACAAACATTTATTTTATCAATATTTTAAAATTTCGAATACATGTATTGATCATCTCGAACAATTGATTAACGTCAAC > NC_000913/3267253‑3267547 | aaTGACGTGGATAACCATATTTTATGTAGATAACATCATTCGTTATTTGGTTAATACAAAAAAGGGGATGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGTATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTttat < 1:20688/150‑1 (MQ=255) attttaaaatattgataaaataaatgtttgttctccaacaaatagcgtgaaaaaatgtgacatgccgcattatttatcactgaaaatggtttatttataatAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTataaat > 1:43037‑M1/102‑150 (MQ=255) attttaaaatattgataaaataaatgtttgttctccaacaaatagcgtgaaaaaatgtgacatgccgcattatttatcactgaaaatggtttatttataatAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTataaat > 1:335239‑M1/102‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |