| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,579,569 | T→C | 11.3% | intergenic (‑227/+64) | yddA ← / ← ydeM | putative multidrug ABC transporter permease/ATPase/putative YdeN‑specific sulfatase‑maturating enzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,579,569 | 0 | T | C | 11.3% | 188.3 / 14.6 | 71 | intergenic (‑227/+64) | yddA/ydeM | putative multidrug ABC transporter permease/ATPase/putative YdeN‑specific sulfatase‑maturating enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/38); new base C (3/5); total (28/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.49e-01 | |||||||||||
CAATATGAAATATAAAGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTACTCTGTTCTTAGCTAACTCTACCATGGCGTTCAT > NC_000913/1579421‑1579716 | aaaTATGAAATATAAAGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTa < 2:290517/149‑1 (MQ=255) atatGAAATATAAAGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATg > 2:1244712/1‑150 (MQ=255) atGAAATATAAAGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTc < 2:336520/150‑1 (MQ=255) 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CAATATGAAATATAAAGGAATATTTCATTTTCAGTGGTTATGGTTATGCTATTGATAATCAAGGATATTGCTAATGCCCTGATGCATACCACGTAAGCCAGGATTTTCGCAAGGGAAGATGATGATGACGAAACACCCGACAGGAATTTATGTCGGGTGCCTTGTTAAGGTCATAAGAAGGAGGCTAAGAATGGAGTTAAAAGAGAGCGTTATTAATTATTCTCCATTTGTTTTGCAACATCCATAATGTGGTAAAGCGGTACTCTGTTCTTAGCTAACTCTACCATGGCGTTCAT > NC_000913/1579421‑1579716 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |