| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,743,155 | C→G | 5.1% | D30H (GAC→CAC) | ribC ← | riboflavin synthase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,743,155 | 0 | C | G | 5.1% | 223.9 / 4.3 | 79 | D30H (GAC→CAC) | ribC | riboflavin synthase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/43); new base G (2/2); total (34/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.13e-01 | |||||||||||
CCCCACTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAAC > NC_000913/1743006‑1743301 | ccccACTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGGCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTc < 2:32212/150‑1 (MQ=255) cccACTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCg < 1:291416/150‑1 (MQ=255) aCTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGGAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGt < 1:1165639/150‑1 (MQ=255) aaaTCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTcc > 1:855547/1‑150 (MQ=255) tCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTccacc < 1:317453/150‑1 (MQ=255) cGCCAAGATTGGTACTGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTccacca < 1:815168/150‑1 (MQ=255) gCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCccccac > 1:1016186/1‑150 (MQ=255) aGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTGGAGTTACCCGACCACATGc < 1:1124865/150‑1 (MQ=255) gATTGGTAATGCGTACCGTTTCTTTCAACAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAAATTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGGTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTGGAGTTACCCGACCACATGct < 2:1140596/150‑2 (MQ=255) tGGTAATGCGGAACGTTTCTTTCCTCAGCTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTAc < 1:1104971/150‑1 (MQ=255) ggTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCATGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACg > 1:728821/1‑150 (MQ=255) ggTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACg < 2:544236/150‑1 (MQ=255) gCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAAtt > 2:1079359/1‑150 (MQ=255) gTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTg < 2:294538/150‑1 (MQ=255) aCGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGtt < 2:547859/150‑1 (MQ=255) tctttcATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCg < 1:1071613/150‑1 (MQ=255) tctttcATCAGGTCAAAACTGACATGCGTGCCGGAAATTTCCGACACGGTCAGCCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCTCCGGGTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCg < 1:186615/150‑1 (MQ=255) tcatcaGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCaa < 2:907180/150‑1 (MQ=255) catcaGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAAt > 1:1021115/1‑150 (MQ=255) tcaGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCg < 1:542340/150‑1 (MQ=255) gTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGacac > 1:19629/1‑150 (MQ=255) gTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGacac < 2:614141/150‑1 (MQ=255) gTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGacac > 1:648417/1‑150 (MQ=255) aaaCTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGt > 2:1220135/1‑150 (MQ=255) aaaCTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGGCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGt < 1:795006/150‑1 (MQ=255) aCTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCCTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAGTCCACCACATGCGGACGAAAAGTTGGTTTCTCGTCAATCGACTCCAGtat > 2:585357/1‑148 (MQ=255) gACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGc > 2:430390/1‑150 (MQ=255) tGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTg > 1:700822/1‑150 (MQ=255) 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ttATGCGCCACGGAAGCACCGGGTTCCATGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCCACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGaa < 2:665249/150‑1 (MQ=255) tATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGaaa < 1:431171/150‑1 (MQ=255) gcCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGt < 1:1267905/150‑1 (MQ=255) ccACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGtt < 1:754961/150‑1 (MQ=255) ccACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACAAGCGTACGATTATTTGGTTTCTCGTCAATCGCCACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAGCCTACTTCCAGCTCCTGAAATCAGtt > 2:816637/1‑150 (MQ=255) 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ggTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTAAGCACAATAGAAGGTGGAAAAc > 2:1312857/1‑150 (MQ=255) ggTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATATGGTTGCTCGTCAATCGACACCAGTCTAGCGGTGCCCTGTACAAACCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTGAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAAc < 2:219691/150‑1 (MQ=255) | CCCCACTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAAC > NC_000913/1743006‑1743301 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |