| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,788,510 | C→A | 10.2% | P26T (CCC→ACC) | aroH → | 3‑deoxy‑D‑arabino‑heptulosonate‑7‑phosphate synthase, tryptophan repressible |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,788,510 | 0 | C | A | 10.2% | 152.4 / 7.6 | 59 | P26T (CCC→ACC) | aroH | 3‑deoxy‑D‑arabino‑heptulosonate‑7‑phosphate synthase, tryptophan repressible |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/31); new base A (4/2); total (26/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.33e-01 | |||||||||||
TTGGTTTATCGTGATGCGCATCACTTCCCGGCAGTCCTGCCGTAGAAGCAACAAATTTCTGAGACTTGTAATGAACAGAACTGACGAACTCCGTACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTCGATCCACGATCTCACCGCTGCAATGGAGTACG > NC_000913/1788365‑1788648 | ttGGTTTATCGTGATGCGCATCACTTCCCGGCAGTCCTGCCGTAGAAGCAACAAATTGCTGAGACTTGTAATGAACAGAACTGACGAACTCCGTACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGt < 2:354081/150‑1 (MQ=255) gTTTATCGTGATGCTCATCACTTCCCGGCAGTCCTGCCGTAGAAGCAACAAATTTCTGAGACTTGTAATGAACAGTACTGACGAACACCGTACAGCGCGTATTGAGTGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAAc < 2:161935/150‑1 (MQ=255) tATCGTGATGCGCATCACTTCCCGGCAGTCCTGCCGTAGAAGCAACAAATTTCTGAGACTTGTAATGAACAGAACTGACGAACTCCGTACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGcc > 2:161136/1‑150 (MQ=255) tATCGGGCTGCGCAGCACGTCCCGGCAGTCCTGCCGGAGAAGCACCAAATTTCTGAGACTTGTAATGAACAGAACTGACGAACTCCGTACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTCACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGcc < 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cATCACTTCCCGGCAGTCCTGCCGTAGAAGCAACAAATTTCTGAGACTTGTAATGAACAGAACTGACGAACTCCGTACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGcccc > 1:675909/1‑148 (MQ=255) aTCACTTCCCGGCAGTCCTGCCGTAGAAGCAACAAATTTCTGAGACTTGTAATGAACAGAACTGACGAACTCCGTACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCAcc < 1:521015/150‑1 (MQ=255) cccGGCAGTCCTGCCGTAGAAGCAACAAATTTCTGAGACTTGTAATGAACAGAACTGACGAACTCCGTACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCa < 2:1115782/150‑1 (MQ=255) cTGCCGTAGAAGCAACAAATTTCTGAGACTTGTAATGAACAGAACTGACGAACTCCGTACTGCGCGGATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCTCCCCCCATGTCCCCGCCGCccg > 2:1170841/1‑150 (MQ=255) gAAGCAACAAATTTCTGAGACTTGTAATGAACAGAACTGACGAACTCCGTACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGaa > 1:479126/1‑150 (MQ=255) 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tGAGACTTGTAATGAACAGAACTGACGAACTCCGTACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGa > 1:1275392/1‑150 (MQ=255) aCTTGTAATGAACAGAACTGACGAACTCCGTACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATgg < 1:1044876/150‑1 (MQ=255) tAATGAACAGAACGGACGAACTCCGTACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAg < 1:809925/150‑1 (MQ=255) aaCAGAACTGACGAACTCCGTACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAg < 1:572722/150‑1 (MQ=255) aCAGAACTGACGAACTCCGTACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGc < 2:14701/150‑1 (MQ=255) aGAACTGACGAACTCCGTACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGa < 1:265672/150‑1 (MQ=255) gACGAACTCCGTACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTg > 1:727368/1‑150 (MQ=255) aCGACCTCCGTACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCGGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTTAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTgg < 1:509494/150‑1 (MQ=255) cGAACTCCGTACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGt < 1:161136/150‑1 (MQ=255) aaCTCCGTACTGCGCGTAGTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTAGCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCa < 2:146121/150‑1 (MQ=255) aCTCCGACCTGCGCTGATTGAGAGCCTGGTACCGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTCAAGATAAGCGACTGTTGGTCat < 2:1135991/150‑1 (MQ=255) gTACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGTTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCTCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTg < 1:72702/150‑1 (MQ=255) tACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTgg < 2:524726/150‑1 (MQ=255) tACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTgg < 1:493473/150‑1 (MQ=255) aCTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACACCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGc < 1:1040885/150‑1 (MQ=255) gcgcGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCCCCCATGTCCCCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGcccc > 1:713566/1‑150 (MQ=255) gTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGcc < 2:267987/144‑1 (MQ=255) gTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGcc > 1:267987/1‑144 (MQ=255) tATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAACTACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCACTGCTc > 1:892086/1‑150 (MQ=255) ccaagagaGCCCTGGAACGCCCTCCCAACTCTCGCTACGGAATCCCGTAACGCCGGGCGTCGCCCCCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTCAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTc < 1:70707/146‑1 (MQ=255) aTTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACAGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTCg < 2:516591/150‑1 (MQ=255) gagaGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTCGATc > 2:600613/1‑150 (MQ=255) gagCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTCGATCCa > 1:288782/1‑150 (MQ=255) gCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTCGATCCACg > 2:423256/1‑150 (MQ=255) gCCGGGTAACGCCCGCCGAACTCGGGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGGCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCATAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTCGATCCACg < 2:969497/150‑1 (MQ=255) cccTGCTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGGGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTCGATCCACg < 2:1001393/149‑1 (MQ=255) ggTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTCGATCCACGAtct > 1:613915/1‑150 (MQ=255) ttAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGTTATCCCGAAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAATTACTCAATGGTTAATATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTCGATCCACGAtctc < 1:1125235/149‑1 (MQ=255) cgcccgccGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCTTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCATAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTCGATCCACGATCTCACCg < 2:956480/150‑1 (MQ=255) cgcccgccGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTCGATCCACGATCTCACCg > 2:1262479/1‑150 (MQ=255) cgccgAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTCGATCCACGATCTCACCGCTGc > 1:756126/1‑150 (MQ=255) cgccgAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGAGTCGCCACCCATGTCACAGACTCCCGCCGCAGAAATGAAAAAATACTGAATCGTGAAGATAAGCGACTGGTGCACATTATTGGCCCCTGCTCGATCCACGATCTCACCGCTGc > 1:195123/1‑150 (MQ=255) gAACTCGCGCTACGGTATCCCATAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTCGATCCACGATCTCACCGCTGCAATg > 2:158220/1‑150 (MQ=255) caCTGGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACGCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCGCGATCCACGATCTCACCGCTGCAATgg < 2:224255/149‑1 (MQ=255) aaCTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCGGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTCGATCCACGATCTCACCGCTGCAATgg < 1:1209686/150‑1 (MQ=255) ccaggcgtTACGGGATACCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATACGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTCGATCCACGATCTCACCGCTGCAATGGa > 1:1004438/5‑150 (MQ=255) caggcgtTACGGGATACCGTAGCGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTCGATCCACGATCTCACCGCTGCAATGGAg > 1:333126/4‑150 (MQ=255) cTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTCGATCCACGATCTCACCGCTGCAATGGAg < 2:11491/150‑1 (MQ=255) gcgtTACGGGATACCGTAGCGCCTGGCGTCGCCACCAATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGAGAACATAAGAGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTCGATCCACGATCTCACCGCTGCAATGGAGTAc > 2:42162/1‑150 (MQ=255) cgttACGGGATACCGTAGCGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGCCTCCCGCCGCAGAAGTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTCGATCCACGATCTCACCGCTGCAATGGAGTACg > 2:798934/4‑150 (MQ=255) | TTGGTTTATCGTGATGCGCATCACTTCCCGGCAGTCCTGCCGTAGAAGCAACAAATTTCTGAGACTTGTAATGAACAGAACTGACGAACTCCGTACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTCGATCCACGATCTCACCGCTGCAATGGAGTACG > NC_000913/1788365‑1788648 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |