| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,304,649 | C→T | 19.3% | intergenic (+256/+459) | eco → / ← mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,304,649 | 0 | C | T | 19.3% | 53.7 / 11.0 | 37 | intergenic (+256/+459) | eco/mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/19); new base T (2/5); total (13/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
GCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCT > NC_000913/2304501‑2304720 | gCCTAAACCGCGGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACACGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCg < 2:972838/150‑1 (MQ=255) acacCGCCGTGAAGTGCGCCACCCCGTAGGTCTGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCAAACGCCCCAGCCGGTGGCCTGATCCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATa < 1:871025/150‑1 (MQ=11) cacTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCCAGCCGGTTGCCGCATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATaa < 1:115741/150‑1 (MQ=11) tctgCTGTGAAGTGGGGCTCATCGTAGGTCAGAGAATGCGGTCACGCCGCTTCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTTCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCGTACACCGCTGTGATGTGCT‑CACCCCGTAGGTCGGATAAgg < 2:472641/147‑1 (MQ=11) 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(MQ=2) gggtcAAGGCGGTGACGCCGCATCCGACATCCAACGACCGAGCCGGTTGCCTGAGGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGc < 2:1057779/146‑1 (MQ=11) aaGGCGGCCACGCCGCATCCTACATCCACCGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCGACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAg < 1:1148409/150‑1 (MQ=255) ggCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCTAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGc < 1:297299/116‑1 (MQ=12) ggCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGc > 2:297299/1‑116 (MQ=25) ttaCGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGTTTTCTTGATGCTACGCTGGCGCGTCTTATCATTCCTACAAAGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAATGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTg < 2:1310886/148‑1 (MQ=11) cACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGc < 1:1131482/150‑1 (MQ=32) 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cATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCg > 2:741490/1‑88 (MQ=33) cATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCg < 1:741490/88‑1 (MQ=33) cATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCAAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTg > 2:997904/1‑150 (MQ=17) tCCTACGCGCGAGCCGTTTGCCGGAGGCGACGCTGGCGCGGCTGATCAGGGCTACACCGCTGTGAAGGGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgc < 1:786243/150‑1 (MQ=11) tCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATaa > 2:1012292/1‑91 (MQ=33) tCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATaa < 1:1012292/91‑1 (MQ=33) cAACGCCCGAGTCGGTTGCGTTATGCTACTATGGCGATGCTTATCATGCCTACACCGCTTTGAAGTGCGTCACCACGTAGGTCTGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCCAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgcgc < 1:641964/150‑1 (MQ=11) cAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTAcgccg < 2:1293236/102‑1 (MQ=11) cAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTAcgccg > 1:1293236/1‑102 (MQ=11) ccccGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCt < 1:1013551/149‑1 (MQ=11) | GCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCT > NC_000913/2304501‑2304720 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |