| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,357,653 | A→G | 5.4% | L250L (CTA→CTG) | yfaD → | transposase_31 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,357,653 | 0 | A | G | 5.4% | 240.5 / 3.9 | 92 | L250L (CTA→CTG) | yfaD | transposase_31 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/45); new base G (2/3); total (43/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
AGAGGCTTCACTAATGACAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCAT > NC_000913/2357504‑2357800 | agagGCTTCACTAATGACAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCAGCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTa > 1:434160/1‑150 (MQ=255) gCTTCACTAATGACAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGc < 2:357926/150‑1 (MQ=255) gctCACTAATGACAGCAATCTAGAAACACTGTTTAAGTATCTGGTGCTATGCGGGGATAGCTCGCGTTCCACCCGCTTACTTCCTGATGCTGCCGAACCGTCACCTCTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCa < 2:761038/148‑1 (MQ=16) cACTAATGACAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGa > 2:670371/1‑150 (MQ=255) cACTAATGACAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCAGCAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTATATTGAGGACATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGa > 2:444074/1‑150 (MQ=255) cTAATGACAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGATACCTCCCGTTGCCCCCGTTTTATTGAGGAGATTCCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGaat > 2:235340/1‑149 (MQ=255) tGACAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCa > 1:1228143/1‑150 (MQ=255) tGACAGCAAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCGGCAATTCGGCGATACCTCCCGTTCGACCAGTTTTCTTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTAAAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACa < 2:879627/150‑1 (MQ=37) aCAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATc > 1:1070702/1‑150 (MQ=255) gccagcTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCaaa > 1:442823/1‑150 (MQ=255) gccagcTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTCCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCaaa > 1:904954/1‑150 (MQ=255) cagcTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGATACCTCCCGGTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAAtt < 2:519003/150‑1 (MQ=255) gcTACAAACACTGTTTAATTAACTGCTGCAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCCCCACTACAAAAGGAGAGATTAAAGACTATAGCTGAACGGCTCCCGCAGGAAGTACATCAAATtgg > 2:308873/1‑150 (MQ=255) 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tgcAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAg < 2:904954/150‑1 (MQ=255) gcAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGc < 2:1188287/150‑1 (MQ=255) cAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGcc < 1:271788/150‑1 (MQ=255) cAATGCGGCGATACCTCCAGTTTCACCCGTATTATTGATGAGATTGCAGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCAGGAACAAGcc < 1:194122/150‑1 (MQ=37) aaTGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACTTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATTAACAAGCCa < 2:785519/150‑1 (MQ=255) 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gagagaTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGAATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACTTGACATTGTGCTAGCGACCACCCACCta > 1:289824/1‑149 (MQ=21) gaTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCTTGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTTCTCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGACAATGTGCTAGCGACAACCCACCTAAcaa > 1:249812/1‑148 (MQ=21) aTTTATGACTATTGCTGATCGGCTACGGCAGGAAGGGCATCATATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGACATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGATCGTGTGATTGTGCTGGCGACAAGCCAACTCACTGa < 1:205321/150‑1 (MQ=37) aTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGa < 1:1086090/150‑1 (MQ=255) aaTGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACGAGCCATTAAAATTGCTTTTAGCATGCTCGAGCAGGGCTTTGAACGTGACAATGTTCTGGAGACAACCCATCTAACTGAAGc > 1:556937/1‑150 (MQ=25) aTGACTATTTCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAGGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCt < 1:1142674/150‑1 (MQ=255) ttccTGAACGGCTACGGCAGTAATGGCAGCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGTAGCAGGGCGTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCACCTCACTGATGCGGATATTc < 2:967855/147‑1 (MQ=37) gCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGAATGCTGGAACAGGGCTTTGAACGTGACAATGTGCTAGCGCCCACCCAGCTAACCGAAGCCGatctcgca > 2:598965/1‑144 (MQ=17) cTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACg > 2:14775/1‑103 (MQ=255) cTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACg < 1:14775/103‑1 (MQ=255) cTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGACAATGTGCTCGCGGCAACCCAACTCAGAGAAGCAGATATTccac > 1:1311901/1‑148 (MQ=21) gatcGGCTACGGCTGGATGTGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAAc < 2:468979/147‑1 (MQ=255) gAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAAc < 1:686772/150‑1 (MQ=255) ggCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGATCGTGACATTGTGCTGGCGCCCACCCACCTAACAGAAGCGGAAATACCGAACTgac > 1:847136/1‑148 (MQ=21) cTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCAt < 1:791933/150‑1 (MQ=255) | AGAGGCTTCACTAATGACAGCCAGCTACAAACACTGTTTAATTATCTGCTGCAATGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCAT > NC_000913/2357504‑2357800 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |