| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 608,037 | A→G | 5.1% | intergenic (+49/‑28) | hokE → / → insL1 | toxic polypeptide, small/IS186 transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 608,037 | 0 | A | G | 5.1% | 224.1 / 3.1 | 80 | intergenic (+49/‑28) | hokE/insL1 | toxic polypeptide, small/IS186 transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/34); new base G (2/2); total (43/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.96e-01 | |||||||||||
CGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTC > NC_000913/607897‑608155 | cGCTTCTGGTCGGAGCCTCGGTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAAGCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTg > 2:790740/1‑150 (MQ=255)cGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTg < 2:1097745/150‑1 (MQ=255)cGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTg > 2:1304916/1‑150 (MQ=255)cGCTTCTGGTCGGAGACGCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTg < 1:41771/150‑1 (MQ=255) 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tAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAg < 1:1196467/150‑1 (MQ=255) atTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAAt > 2:272302/1‑150 (MQ=255) gAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTcg > 1:1241838/1‑149 (MQ=255) tgTTTAAGGCTGTTCTCGCTTCCGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTAGGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATtgtg < 2:607881/149‑1 (MQ=255) gTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGATTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTgg < 1:765716/150‑1 (MQ=255) 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agaagacGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATCTGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACt < 2:1139193/144‑1 (MQ=255) ttgCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGCTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATAACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATCGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTc < 2:975535/148‑1 (MQ=255) ccGTTGTGCGGGGAGTAATCGCATAAGCGCTTACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGTATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGc < 1:333369/150‑1 (MQ=255) ccGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCCCGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCAATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGc > 1:1127299/1‑150 (MQ=255) ccGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGccc > 2:697605/1‑130 (MQ=255) ccGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGccc < 1:697605/130‑1 (MQ=255) ggAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAAATCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCg < 1:90801/150‑1 (MQ=25) gAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTAGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAAGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTTGCCAATATTGGTAAGCCCGATGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCgg > 2:704281/1‑150 (MQ=11) gAGTAATCCAATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATTACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGATATGGATACTTCGGCACGTAATGCCgg > 2:822282/1‑150 (MQ=255) aaTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTTTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGACCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGcg > 2:1107738/1‑149 (MQ=14) aTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGctc < 1:1287461/150‑1 (MQ=11) | CGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTC > NC_000913/607897‑608155 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |