| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,286,793 | A→G | 15.0% | intergenic (+267/+273) | narI → / ← rttR | nitrate reductase 1, gamma (cytochrome b(NR)) subunit/rtT sRNA, processed from tyrT transcript |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,286,793 | 0 | A | G | 15.0% | 67.4 / 4.0 | 34 | intergenic (+267/+273) | narI/rttR | nitrate reductase 1, gamma (cytochrome b(NR)) subunit/rtT sRNA, processed from tyrT transcript |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/21); new base G (2/3); total (10/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCC > NC_000913/1286646‑1286929 | tAAACGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCAAg > 2:30200/1‑150 (MQ=255) aaaCGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGGGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGt < 1:552492/150‑1 (MQ=255) aaaCGTGGTGCCATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATAATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGt < 1:669062/150‑1 (MQ=255) cATCGGGCAAAATTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCCAGTCGAACCTTAGt > 1:222483/1‑150 (MQ=255) tatggCAAAATTTGCTCGGAGTATCAGTTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCg < 2:222483/147‑1 (MQ=17) gccAAAATTAGCTCGGAGTAACAGCATGTCATTCTTTAACGAAGCGATGCGGTGGGGGGATCGACTACTCCGCGCTGCGCGCGTCGCCCTTCGGGTCTTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGCCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAg < 1:191322/148‑1 (MQ=17) gCAAACTTAGCTCGGAGTACCAGGTGTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGGTGTGCGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCGTCGCCCTTCGGGGCGTGGCCTGCGGCAACGCGCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGc < 2:984452/150‑1 (MQ=18) aaaTTAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGACGAACCTTTGTCGAAGCTtc > 2:822195/1‑150 (MQ=255) aaaTTAGCTCGGAGTAACAGGCTCTGACTATTTAAGGAAGCGATCGCGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCGCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTtc < 2:331636/150‑1 (MQ=17) 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NC_000913/1286646‑1286929 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |