| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 418,088 | C→G | 5.2% | P67R (CCG→CGG) | phoR → | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with PhoB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 418,088 | 0 | C | G | 5.2% | 1536.1 / 26.5 | 439 | P67R (CCG→CGG) | phoR | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with PhoB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (239/172); new base G (3/24); total (242/197) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 443 total aligned reads displayed.
CTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACAGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGCAGTATGACCCCGCCACCGGGGCGTGGTAGCTGGGAACCGCTACTATACGGCTTACACCAGATGCAGCTGCGAAATAAAAAACGCCGCCGTGAACTGGGCAATCTGATTAAACGCTTTCGTAGCGGCGCGGAGTCGCTGCCCGACGCGGTGGTGCTGACCACGGAA > NC_000913/417939‑418236 | tgcCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACAGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGCAGTATGACCCCGCCACCg > 2:597920/1‑150 (MQ=255) tgcCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACAGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGCAGTATGACCCCGCCACCg > 2:3344653/1‑150 (MQ=255) ccTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACAGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCGTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGCAGTATGACCCCGCCACCggg > 2:1942368/1‑150 (MQ=255) 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ggtggATCGCAGTATGACCCCGCCACCGGGGCGTGGTAGCTGGGAACCGCTACTATACGGCTTACACCAGATGCAGCTGCGAAATAAAAAACGCCGCCGTGAACTGGGCAATCTGATTAAACGCTTTCGTAGCGGCGCGGAGTCGCTGcc > 2:6586254/1‑150 (MQ=255) gCAGTATGACCCCGCCACCGGGGCGTGGTAGCTGGGAACCGCTACTATACGGCTTACACCAGATGCAGCTGCGAAATAAAAAACGCCGCCGTGAACTGGGCAATCTGATTAAACGCTTTCGTAGCGGCGCGGAGTCGCTGCCCGACGCgg > 2:2479577/1‑150 (MQ=255) cggttgtGACCCCGCCAGGGGGGGGTGGTAGCTGGTAACCGCTACTATACGGCTAACACCAGATGCAGCTGCGAAATAAAACACGCCGCCGTGAACTGGGCAATCTGATTAAACGCTTTCGTAGCGGCGCGGAGTCGCTGCCCGACGCgg < 2:2925438/144‑1 (MQ=255) aGTATGACCCCGCCACCGGGGCGTGGTAGCTGGGAACCGCTACTATACGGCTTACACCAGATGCAGCTGCGAAATAAAAAACGCCGCCGTGAACTGGGCAATCTGATTAAACGCTTTCGTAGCGGCGCGGAGTCGCTGCCCGACGCggtg > 1:4317882/1‑150 (MQ=255) tATGACCCCGCCACCGGGGCGTGGTAGCTGGGAACCGCTACTATACGGCTTACACCAGATGCAGCTGCGAAATAAAAAACGCCGCCGTGAACTGGGCAATCTGATTAAACGCTTTCGTAGCGGCGCGGAGTCGCTGCCCGACGCggtggt < 2:4683862/150‑1 (MQ=255) 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1:179875/1‑150 (MQ=255) ccGGGGCGTGGTAGCTGGGAACCGCTACTATACGGCTTACACCAGATGCAGCTGCGAAATAAAAAACGCCGCCGTGAACTGGGCAATCTGATTAAACGCTTTCGTAGCGGCGCGGAGTCGCTGCCCGACGCGGTGGTGCTGACCACGGaa < 1:2106455/150‑1 (MQ=255) | CTGCCTCCCGGCTTTCATCCTGGGTGCATTTTTTGGTTACCTGCCCTGGTTTTTGCTGGCATCGGTAACAGGACTGCTTATCTGGCATTTCTGGAATTTATTGCGCCTTTCATGGTGGCTGTGGGTGGATCGCAGTATGACCCCGCCACCGGGGCGTGGTAGCTGGGAACCGCTACTATACGGCTTACACCAGATGCAGCTGCGAAATAAAAAACGCCGCCGTGAACTGGGCAATCTGATTAAACGCTTTCGTAGCGGCGCGGAGTCGCTGCCCGACGCGGTGGTGCTGACCACGGAA > NC_000913/417939‑418236 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |